商標所有人甲先與乙簽訂獨占許可合同，然後甲將商標轉讓給不知情的丙，再由乙與不知情的丁簽訂獨占許可合同..這時候如何確定獨占使用許可的歸屬？B能否起訴D停止侵權並賠償經濟損失？根據《最高人民法院關於審理商標民事糾紛案件適用法律若幹問題的解釋》第十九條第二款規定，商標使用許可合同未在商標局備案的，不得對抗善意第三人。2013年8月30日通過的《商標法》第四十三條第三款也作了基本相同的規定。然而，如何理解和適用上述案例中的“未經備案不得對抗善意第三人”在司法實踐中仍有爭議。
首先，在兩個許可方均未備案的情況下，在先的獨占被許可方對後續的善意第三人提起侵權訴訟，其要求停止侵權並賠償損失的申請能否得到支持？有人認為，如果主張同壹商標的使用權，產生沖突，先用權應優於後用權。因為在先權利的產生不存在瑕疵(雙方在訂立許可合同時都沒有過錯)。但後壹種權利的出現是基於商標所有人的過錯(即他違反了在先的獨占被許可人的承諾，並對後壹個獨占被許可人隱瞞了在先合同的事實)，這本身就是有瑕疵的。無瑕疵的民事權利與有瑕疵的民事權利相沖突，自然前者應優於後者。對於後被許可人的責任，有人認為後被許可人只承擔停止侵權的民事責任，也有人認為可以責令其承擔賠償損失的民事責任。另壹種觀點認為，本案中，第壹被許可人與第二被許可人的商標使用許可合同受法律保護，且由於債權平等，不存在位階關系，其效力不隨先後而異。前後被許可人不得主張對方無權使用該商標，前後被許可人可以隨時要求商標所有人履行債務。
其次，如果後期許可備案，能否對抗前期用戶，進而要求前期許可方停止侵權，賠償損失？使用許可備案的對抗效力是僅限於後續的使用許可，還是應當具有溯及力？有人認為，法律明確規定商標許可為非必要合同，備案不是生效要件。因此，只要合同有效，在先被許可人就已經取得了商標的使用權，其他人包括商標註冊人無權阻止其使用。如果忽視在先被許可人的利益來保護善意第三人的利益，則是對“未經備案不得對善意第三人使用商標許可”本意的曲解。有人認為宣傳抵制的意義在於“不宣傳，不對抗；已公示，可對抗。”因此，已註冊的許可優於未註冊的許可。法院應當支持後申請的被許可人的訴訟請求，在先申請的被許可人未經同意不得使用爭議商標。
二、商標許可備案的法律性質和效力
1.備案是公示商標權變更的方式。
商標使用許可合同簽訂後，許可人應向商標局備案商標使用許可。很多法律法規都有備案的規定。比如房屋是出租的，出租人要向有關部門備案。壹般認為，備案更多的是壹種行政方式和手段。但是，商標許可備案的目的不僅是為了方便商標局對國家商標許可的管理，也是為了向社會宣傳商標權的變化狀況。是否備案將對被許可人的權益產生重大影響。
商標專用權既是私權，也是絕對權。作為私權，可以轉讓和許可；商標專用權作為壹項絕對權，與物權壹樣，關系到他人和社會的利益，無論是權利的取得、變更、行使和實現，都關系到交易的安全和秩序。物權有公示要求，商標專用權也有公示要求。在靜態安全方面，如果要對不特定的第三人施加不作為的義務，首先要讓這些第三人知道商標權的存在，以明確商標權的邊界和範圍，從而規範自己的行為，避免處於隨時可能觸碰他人權利紅線的不安狀態；從動態交易安全的角度來看，商標法應該讓不特定的交易者了解商標權的變動，使交易者對商標權的完善形成合理的信賴，進而保護交易者的合法交易預期，不至於處於隨時被他人追殺的焦慮之中。因此，《商標法》確立了商標權歸屬和權利變動的公示制度。前者是指商標權的登記和取得，商標權的取得必須登記和公告。商標權的變更主要包括商標轉讓和使用許可。轉讓註冊商標的，應當經商標局核準並公告。許可他人使用註冊商標的，應當向商標局備案。無論是公告還是備案，都是公示商標權變更的壹種方式。
2.商標許可實行備案對抗制。
在物權法中，物權的公示與物權的變動有著廣泛而深刻的關系:壹方面，物權的公示主要來源於物權變動的要求；另壹方面，產權的公共性反過來影響產權的變動。是物權公示與物權變動的關系，尤其是在物權公示如何影響物權變動的問題上。在立法上有完全不同的選擇，即公示對抗與公示要件存在二元對立。前者又稱自願合意原則，是指法定公示方式只是物權變動的對抗要件，而不是物權變動的發生要件。當事人壹旦形成物權變動的意思表示，即發生物權變動的效力，但在公示手段具備之前，物權變動的事實不能對抗第三人。後者又稱形式主義，是指當事人之間沒有公示就沒有物權變動，更談不上對抗第三人的效力。
商標許可備案的規定明顯是備案對抗制，即不備案，不對抗；鄭重聲明，妳可以打。首先，從取得許可使用權的角度來看，商標許可壹旦簽訂，被許可人通過合同當事人的意思表示取得商標使用權，不需要履行備案等公示程序。比如，對於未經授權使用商標的侵權人，即使不進行商標許可備案，專用被許可人仍然可以以自己的名義對侵權人提起訴訟。其次，從許可權的效力來看，未註冊的許可權處於壹種不盡人意的狀態，即如果商標所有人重復授權，就會出現善意第三人，未註冊的在先被許可人不能要求後壹善意第三人停止使用相關商標。再次，如果未來善意第三人提出商標許可申請，其使用權將產生對抗效力，可以對抗第三人，包括未先提出申請的被許可人。如果善意第三人要求在先被許可人停止使用相關商標，在先被許可人可以向商標所有人主張相應的違約損害賠償責任，以獲得該商標不能再使用的救濟。
提起對抗不僅保護了交易安全，也很好地平衡了不同被許可人的利益。在先被許可人雖然先簽訂了合同，但並未按照法律的要求主動立案，導致善意第三人積極信賴商標權仍處於完善狀態，認為商標權不存在權利變更，進而與商標權人簽訂許可使用合同。此時，法律保護交易後善意第三人的合理期待，讓具有壹定過失的在先被許可人承擔不備案的不利後果，符合公平正義的理念，實現了靜態權利歸屬與動態交易安全的有效平衡。
第三，商標再使用許可糾紛的司法裁判思路
1.被許可人未備案時的處理。
如果被許可人均未對商標使用許可進行備案，根據“善意第三人不備案不得對抗”的規定，壹方面，由於後壹被許可人是善意的，在先被許可人取得的許可使用權對其不具有對抗效力，即不能對抗後壹被許可人繼續使用相關商標。此時，不應該因為被許可人沒有備案而認定其不誠信。另壹方面，在先被許可人當然屬於善意第三人的範疇，後續被許可人不能要求在先被許可人停止使用相關商標。因此，兩個被許可人是善意第三人，任何壹方都不能對抗對方。那麽，誰應該最終獲得獨家授權呢？筆者認為，與財產權不同，知識產權在權利行使上具有非物質性和非排他性的特點。這就決定了此類糾紛的處理可以不同於“壹房二賣”。不壹定要確定獨占使用許可權由其中壹方行使，但可以考慮允許不同的被許可人享有商標使用權，即兩者可以並存。首先，這種判斷方式保護了善意第三人的信賴利益，維護了商標許可交易的交易安全。在先被許可人不能要求在後被許可人停止侵權並賠償損失。其次，這種判斷方式考慮到了在先被許可人的利益。雖然在先被許可人實際上變成了非獨占，但畢竟可以繼續使用商標。再次，這種判定方式最大限度地懲罰了商標所有人的不誠信行為。與選擇讓壹個被許可人取得獨占許可不同，* * *的仲裁模式會使商標權人同時向兩個被許可人承擔違約損害賠償責任，商標權人遭受的損失最重。因此，在被許可人未備案的情況下，被許可人有權使用相關商標，在先被許可人無權要求後壹善意第三人停止使用或侵權，否則就違背了“不備案不得對抗善意第三人”的本義和制度價值。
2.善意第三人已經登記檔案時的處理。
如果商標所有人在第三善意人簽訂許可合同後備案商標許可，根據“已註冊的許可可以對抗”的原則，第三善意人取得的許可權具有對抗他人的效力，是壹種具有完善效力的權利，可以要求前被許可人停止使用相關商標。此時，在先被許可人不構成侵權，不必承擔停止侵權甚至賠償損失的民事責任，只承擔停止繼續使用相關商標的義務。需要註意的是，在確定第三人是否善意時，在先被許可人無法對抗的善意第三人與後壹人在備案後對抗在先被許可人的善意第三人是不同的。就前者而言，只要後者被許可人與商標所有人在簽訂商標使用許可合同時是善意的，就可以滿足善意第三人的要求；就後者而言，為了取得對抗在先被許可人的效力，在向商標局備案時，後壹被許可人必須符合要求並且是善意的。否則，合同簽訂後，如果後被許可人知道在先許可的事實，就先提出申請，或者發生爭議後，後被許可人先提出申請。此時，其獲得的備案不能對抗在先被許可人，不能要求在先被許可人停止使用。