主要區別是，性質不同、病因不同、臨床表現不同，具體如下：
壹、性質不同
1、自身免疫病
自身免疫病壹般指自身免疫性疾病，是指機體對自身抗原發生免疫反應而導致自身組織損害所引起的疾病。
2、過敏反應
過敏反應是指已產生免疫的機體在再次接受相同抗原刺激時所發生的組織損傷或功能紊亂的反應。
二、病因不同
1、自身免疫病
①、自身抗原的出現。
②、免疫調節異常。
③、交叉抗原。
④、遺傳因素。
2、過敏反應
先天免疫功能異常。
三、臨床表現不同
1、自身免疫病
①、器官特異性自身免疫病。
②、系統性自身免疫病。
2、過敏反應
①、過敏性休克反應。
②、血液病樣反應。
③、血清病樣反應。
④、其它全身反應。
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