(1)、落後的信息化建設水平
最近幾年，即便我國全面加大對信息化基礎建設的投入，建設資金逐年遞增，但相對於歐美等發達國家，我國信息化建設仍處於較低的發展水平。當前我國許多企業在進行信息化建設和電子商務應用過程中，過分偏重於硬件建設和網絡建設，而忽略了軟件建設和數據建設，甚至有些企業對數據建設有心無力。以上種種，對當今電子商務的快速發展起到較大的阻礙。
(2)、電子商務安全保密建設相對較弱
電子商務的安全建設包括計算機網絡系統硬件和軟件的建設。電子商務作為壹個開放的交易平臺，為了保障交易雙方之間的誠信、平等以及交往信息的安全等，需要確保交易者身份的真實性、信息的完整性以及信息的保密性。而我國在電子商務的技術和信用體系建設上還不完善，交易中時常出現信譽問題。電腦黑客、病毒與各種手段的網上騙局、網上盜竊等也讓人猝不及防。這些電子商務中時常發生的篡改、信息破壞、身份識別、信息泄密等問題都造成了人們對電子商務信任的降低。
特別在電子商務支付與結算問題上，各個商業銀行壹般都開通了自己的網上銀行業務並結合電子商務的發展提供了相應的服務，但由於我國目前在身份認證、數據加密、商用密碼、通訊安全控制措施等各種技術參數方面還沒有形成比較完善的國家標準，各個銀行在營業活動中所采用的網絡平臺並不統壹，銀行與銀行之間的通訊、支付與結算也存在著這樣那樣的問題，這無疑增加了電子商務活動的交易風險。
(3)、電子商務稅務發展的滯後
隨著網上經營的急劇擴增，導致傳統貿易數量的縮小，而我國還沒有壹個相對電子商務的稅務標準。作為商業發展中的壹個新興模式，相應的稅務征管電子化還未建立。作為開放的網絡市場，網上貿易無法有效掌控，致使出現大量的“征稅盲區”，造成稅收流失問題嚴重。怎樣解決電子商務中稅源監管，提高稅務稽查效率是我國政府當前主要面對的問題之壹。
(4)、緩慢的物流配送管理建設
企業要想正常運營和可持續發展需要壹套有效的物流管理體系作為保障。企業只有通過物質資料流入轉化和流出才完成整個的生產經營活動。由此可見，物流系統在企業整體經營活動秩序中起到至關重要的作用。然而對於我國電子商務的物流管理，卻還沒有建立起完善的全國性貨物配送體系，電子商務公司僅僅通過其內部建立效率低，規模小，平臺分散的物流平臺。致使物流狀況與電子商務交易所需的壹整套物流服務要求無法契合。
(5)、不完善的法律法規
由於電子商務快速的國際化發展，使得產品、勞務和信息全球流動。國際化的互聯網電子商務平臺運作中存在著諸如國際民事訴訟、知識產權、簽名認證、隱私權等法律風險。這就需要我國與時俱進，快速完善相關法律體系只有建立起完善的法律法規制度，才能使電子商務更加健康、壯大的發展起來。