根據工作職責，市局相應設置內設機構、直屬機構和事業單位。 清遠市國家稅務局設置12個內設機構，級別為正科級。
（1）辦公室
擬訂本系統年度工作計劃、有關工作制度；起草和審核重要文稿；負責機關文電、機要、會務、檔案、督辦、信訪、保密、密碼等工作；承擔稅收宣傳、新聞發布及機關政務公開、政府信息公開工作；承辦網站運行和維護工作；組織稅收科研、學術交流工作。
（2）政策法規科
組織落實綜合性稅收政策；承擔機關有關規範性文件合法性審核工作；承辦局外綜合性稅收政策文件會辦工作；承擔重大稅收案件審理工作；辦理行政復議、賠償案件及行政訴訟案件；組織實施稅收法律法規、部門規章及規範性文件執行情況的監督檢查，承擔稅收執法質量考核工作；配合財政、審計等部門對稅務部門的監督與審計工作；組織辦理人大代表議案、建議和政協委員提案的有關事項。
（3）貨物和勞務稅科
組織實施增值稅、消費稅、營業稅、車輛購置稅的征收管理工作，擬訂征收管理具體實施辦法；對有關稅種的具體業務問題進行解釋和處理；組織實施有關稅種的納稅評估、稅源管理等辦法；負責增值稅專用發票的行政（政策）管理工作；指導有關稅種的日常管理、日常檢查；參與有關稅種的納稅輔導、咨詢服務、稅收法律救濟工作。
（4）所得稅科
組織實施企業所得稅、儲蓄存款利息所得稅和法律法規規定的基金（費）等征收管理工作，擬訂征收管理具體實施辦法；對有關稅種的具體業務問題進行解釋和處理；組織實施有關稅種的納稅評估、稅源管理、稅基管理、匯算清繳等辦法；指導有關稅種的日常管理、日常檢查；參與有關稅種的納稅輔導、咨詢服務、稅收法律救濟工作。
（5）收入核算科
牽頭編制年度稅收計劃、出口退（免）稅計劃，分配下達年度免抵調庫計劃；監督檢查稅款繳、退庫情況；開展稅收收入分析預測、稅收收入能力估算及重點稅源監控、企業稅收資料調查工作；承擔稅收會計核算、統計核算、稅收票證管理等相關工作；承擔稅收收入數據的綜合管理應用工作。
（6）納稅服務科（納稅服務中心）
組織、協調和指導本系統各部門、各稅種、各環節的納稅服務工作；組織實施納稅服務工作規範和操作規程；組織落實納稅人權益保障規章制度及規範性文件；組織協調、實施納稅輔導、咨詢服務、稅收法律救濟等工作，受理納稅人投訴；指導稅收爭議的調解；承擔12366熱線、網站納稅服務欄目、短信系統的運行管理工作。
（7）征收管理科
組織落實綜合性稅收征管法律法規、部門規章及規範性文件，擬訂具體操作辦法；組織實施綜合性納稅評估辦法，承辦征管質量考核、風險管理和稅收收入征管因素分析工作；承擔稅務登記、納稅申報、普通發票管理、稅控器具推廣應用等方面的相關工作；組織落實個體和集貿市場稅收征管、稅收管理員制度。
（8）財務管理科
組織實施會計核算、會計基礎規範工作，分析考核征稅成本；組織實施國庫集中支付工作，辦理具體支付事項；承擔本系統基本建設、資產管理、政府采購、著裝管理工作；組織實施財務管理、基本建設項目、大宗物品采購審計和領導幹部經濟責任審計工作；負責管理機關財務。
（9）人事教育科
組織落實幹部人事管理制度；承擔機構編制、幹部任免、人員調配、勞動工資、人事檔案、公務員管理、專業技術職務管理等人事工作；承擔下壹級領導班子及領導幹部和後備幹部的管理、考核及監督工作；監督檢查本系統執行幹部人事規章制度情況；辦理出國政審事項；擬訂年度巡視工作計劃，組織開展巡視工作。
組織實施本系統精神文明建設、稅務文化建設和基層建設；擬訂並組織實施人員培訓、學歷教育工作規劃、年度計劃，開展培訓質量考核與評估。
（10）監察室
組織落實紀律檢查、行政監察工作制度，擬訂具體實施辦法；監督檢查下壹級領導班子及其成員貫徹民主集中制、選拔任用幹部、貫徹黨風廉政責任制和廉政勤政的情況；組織協調本系統的黨風廉政建設和反腐敗工作；受理對本系統工作人員違法違紀行為的檢舉、控告及有關申訴；查處本系統工作人員違法違紀案件及其他重要案件；開展執法監察和糾風工作。
（11）大企業和國際稅務管理科
承擔對大型企業提供納稅服務工作；承擔對大型企業的稅源管理、納稅評估和日常檢查工作；承辦匯總（合並）納稅企業稅收日常檢查的有關工作。
承擔有關稅收法律法規和國家（地區）間稅收協議、協定（安排）的具體執行工作；組織實施特別納稅調整工作，解釋和處理具體業務問題；管理機關和系統外事工作；組織實施反避稅調查。
（12）進出口稅收管理科
組織實施進出口貿易稅收管理工作，擬訂稅收管理具體實施辦法；承擔出口貨物退免稅的審核審批、年終清算工作；組織進出口稅收政策執行情況的日常監督檢查；配合有關部門開展反騙稅工作。
機關黨委辦公室 負責機關和直屬單位的黨群工作；承擔機關思想政治工作和精神文明建設；承擔入黨積極分子的教育培訓考察工作及發展黨員工作；組織實施本系統黨建和思想政治工作。
離退休幹部科 承擔機關離退休幹部的服務和管理工作，指導本系統離退休幹部工作。 清遠市國家稅務局設置稽查局、車輛購置稅征收管理分局2個直屬機構，稽查局級別為副處級，車輛購置稅征收管理分局級別為正科級。
（1）稽查局
組織落實稅務稽查法律法規、部門規章及規範性文件，擬訂具體實施辦法；組織、協調稅收違法案件的查處、審理和執行工作；受理稅收違法案件的舉報；協調公安、檢察、審判機關處理稅務稽查有關工作；承擔金稅工程發票協查工作；牽頭組織稅收專項檢查工作。負責清遠市經濟開發試驗區、清城區國家稅務局的稽查業務。
稽查局設8個內設機構（副科級），分別是：辦公室、 綜合選案科、檢查壹科、檢查二科、檢查三科、案件審理科、案件執行科、舉報中心。
（2）車輛購置稅征收管理分局
組織落實車輛購置稅征收管理規章制度及規範性文件；承擔車輛購置稅的稅源管理、納稅評估、日常檢查、納稅服務等工作；承擔車輛稅收壹體化管理工作；對核定各類車輛最低計稅價格提出建議；管理車輛購置稅票證。 清遠市國家稅務局設置3個事業單位，級別為正科級。
（1）信息中心
落實稅收管理信息化建設規劃和實施方案，執行信息系統管理制度和技術標準；承擔本系統信息化建設的技術支持、保障工作；承擔稅收管理信息系統的運行維護工作；組織本系統信息安全管理與實施。
（2）機關服務中心
承擔機關後勤事務的管理、保障和服務工作，擬訂機關事務具體工作制度並組織實施；承擔機關辦公用品的采購、保管、分配、維修；參與機關後勤體制改革工作；指導本系統後勤服務工作，負責機關保衛工作。
（3）票證中心
承擔稅收票證、增值稅專用發票、普通發票的管理工作。