因為DNA和RNA鏈上的堿基都基本壹致。而這兩種上樣緩沖液中含有的染料是二甲苯青和溴酚藍，都可以與其堿基結合，跑出條帶。
但是，如果使用DNA上樣緩沖液，裏面會夾雜壹些RNA酶，這些酶有可能會影響到實驗結果。使用前需要將RNA酶處理掉。