位於林屋洞西北的包山塢中，據史誌資料記載，該寺初創於南朝之初，初名福願寺，梁大同二年（536）正式建寺。唐上元九年，唐高宗李治賜該寺名為“顯慶禪寺”；因西山四面為水所包，俗稱包山，該寺又是山上第壹大寺，唐肅宗李亨又賜名為包山寺，所在的山塢亦得名為包山塢，名稱壹直沿用至今。自唐朝至清朝，包山寺代稱江南名剎，高僧輩出，寺院亦經歷了多次興廢。解放初包山寺曾被列為江蘇省重點文物保護單位，“文化大革命”時寺院被毀，1995年開始重建，至1999年秋基本建成，10月23日正式開光。
清順治年間，包山寺住持山曉和尚，應詔進京主持董鄂妃喪禮的佛寺活動，受到順治皇帝的賞識，得賜禦筆“敬佛”二字，成為鎮寺之寶，現在石公山上禦墨亭中的“敬佛”碑，即為光緒年間依真臨摩而刻。1937年抗日戰爭爆發，為避免蘇州圖書館的四十多箱珍貴古籍被日寇所奪，將其移藏於包山寺滿月閣，住持聞達上人不畏艱險，歷時八年，終使文物得以保全，受到了民國江蘇省政府、省教育廳的嘉獎。寺中源於明萬歷年間的木刻方冊本大藏經，世稱萬歷藏、嘉興藏、徑山藏，是目前最為完整且國內僅存的兩部之壹，十分珍貴，現保存在南京博物院。
包山寺歷史悠久，規模宏大，相傳全盛時有僧房1048間，宋代王_在《包山禪院記略》中稱，“茲院自六朝之後為勝地”，“大叢林，庇千僧”。清末時，僧人分為六房，由下而上依次為靜善堂、拈花堂、禪堂、大雲堂、下西房、上西房，統稱為顯慶禪林，其中大雲堂部分為主寺。寺院建築除山門殿、天王殿、大雄寶殿、大雲堂外，還有空翠閣、嫩桂閣、祖師殿、香證閣、凝香塔院、聞經山房等。歷代文人到包山寺並留下詩作的很多，如皮日休、陸龜蒙、範成大、王寵、沈德潛、葉聖陶、田漢、周瘦鵑等。自清末到解放初，包山寺住持依次為太虛、大休、聞達、雲谷。寺中原先題額、對聯很多，最有名的除“敬佛”禦筆外，為清末石湖名家余覺所書的大雲堂聯：“佳味無多，白飯香蔬苦茗；我聞如是，松風鳥語泉聲。”包山寺被毀後，仍然有許多信徒到遺址進香。1994年太湖大橋通車後，包山寺重修工作開始籌備。1995年7月，成立了包山禪寺修復籌建組。全國政協副主席、中國佛教協會會長趙樸初為包山禪寺題寫了寺名和大雄寶殿匾額。1995年10月15日，包山寺修復工程正式開工，工程由西山鎮旅遊開發服務公司投資，蘇州香山古建集團公司設計施工。首期工程主要包括山門殿、天王殿、大雄寶殿、圍墻、部分附房、道路等，***征地70畝，總投資壹千萬元。1997年5月，首期工程主體建築竣工落成，二期工程開始建設。二期工程主要包括佛像、廂房、牌坊、藏經樓、大雲堂、玉佛殿、祖師殿、禦碑亭、鐘樓、鼓樓、各種器具及配套設施、停車場、道路等，總投資亦近千萬元。1999年10月23日，包山寺舉行佛像開光盛典，貫澈法師任方丈，寺內有僧人40余名。重建後的包山禪寺山門前為香花橋壹座，下為山溪。山門正中供布袋和尚（彌勒菩薩化身）。天王殿中間供彌勒菩薩的真身阿逸多，背面為韋馱菩薩，兩側供四大天王。大雄寶殿正中供橫三世佛，中為釋迦牟尼，東為藥師佛，西為阿彌陀佛，釋迦牟尼左右脅侍為伽葉尊者、阿難尊者；橫三世佛背面為海島觀音，供觀音菩薩、善財童子、龍女及二十諸天；兩側為十八羅漢及文殊菩薩、普賢菩薩。藏經樓（滿月閣）位於大殿後，其西側為禦碑亭。玉佛殿位於大殿西南側，內供漢白玉釋迦牟尼。祖師殿位於玉佛殿南，內供達摩祖師。