在遙遠未來的公元2195年，人類在火星的殖民地被稱為“木星蜥蜴”的神秘木星生物襲擊
，由於彼此科技有差距，地球軍大敗，火星殖民地被摧毀，地球連合軍立刻提升軍力以備戰敵人。而此時壹個不屬於地球政府的私人集團——尼爾加(NERGAL)重工，研制了壹艘火力強大、站在人類科技尖端的的宇宙戰艦，這艘戰艦的名字就叫做撫子(NADESICO)。本故事就講述壹班在撫子號上的成員的經歷，他們壹方面和木星蜥蜴作戰，另壹方面又要在地球政府吞並的壓力下力求獨立自主，而他們隨著不斷的戰鬥，漸漸揭開隱藏在背後的驚人事實真相……