繼承西班牙和美洲領地的腓力二世，趁著葡萄牙在國王塞巴斯蒂安壹世戰死於對摩洛哥的三王之戰後的繼承危機，在1580年吞並葡萄牙組成伊比利亞聯盟。這時，從歐洲到美洲的大西洋體系，與歐洲繞過非洲到亞洲的印度洋，太平洋體系，從鄭智上合二為壹。總之十六世紀見證了伊比利亞，尤其是西班牙對環大西洋體系的開創，建設和獨占。
自從1580年西班牙吞並葡萄牙後壹開始，腓力二世加強了對葡萄牙及其殖民地的管理，重新設置了許多機構確保西班牙的統治地位。但是為了拉攏葡萄牙人，基層行政管理，宗教事務，貿易等方面西班牙人允許葡萄牙原有的機構存在發展。這樣使得聯盟的大部分時間，葡萄牙人對西班牙統治的雖然有所不滿，但是還是向西班牙王室尋求援助來維護自己力量。比如巴西殖民地的葡萄牙人從西班牙王室獲得了捕獵鯨魚的特權，發展了制油業；他們希望引進西班牙的ecomienda制度來解決黑人奴隸價格太高而勞動力不足的問題；他們還請求西班牙的貴金屬能夠流入巴西以解決殖民地經費問題。西班牙還設立了壹些法律和機構填補了巴西法律和文化的空白。壹系列措施壹定程度上增強了葡萄牙及其殖民地的力量。
但是在十六世紀三十年代後期，腓力二世之後的國王為了加強控制，開始排斥葡萄牙機構和官員並用西班牙人代替。這些侵害自治權的行為引發了廣泛的不滿，加上三十年戰爭中的繁重賦稅，葡萄牙人宣布擺脫西班牙統治。二十年後，西班牙人發現無力重新占領葡萄牙後，只好承認其獨立地位。