1，組織性質不同。工商行政管理總局是政府主管市場監管和行政執法的工作部門，國家工商行政管理總局為國務院直屬機構；中華全國工商業聯合會是中國人民和中國工商界組織的人民團體。是中國人民政治協商會議的組成單位之壹，是為社會主義服務的政治力量，簡稱中華全國工商業聯合會。
2.組織職能不同。工商局負責市場監管和行政執法，起草相關法律法規，制定工商行政規章和政策。工商聯的工作內容是參與國家重大政策和政治、經濟、社會生活中重要問題的政治協商，參與國家大事的討論和民主監督，引導會員積極參加國家經濟建設，促進社會主義市場經濟體制的逐步完善，推動社會全面進步。
3.現在的情況不同了。截至2019年6月，不再保留國家工商行政管理總局，成立國家市場監督管理總局。工商聯運作正常。
法律依據
工商業聯合會組織通則
第二條工商聯的基本任務是:
(壹)帶領商人遵守* * *綱領和人民政府的政策法令；
(二)在國家總體經濟計劃下，指導私營工商企業發展生產，改善管理；
(三)代表私營工商企業的合法利益，向人民政府或者有關機關反映意見和建議，與工會就勞動關系等問題進行協商；
(四)組織工商業者學習，改造思想，參加各種愛國運動。第三條工商聯組織在本行政區域範圍內的市、縣設立市、縣工商聯；在省內建立省工商聯；在全國建立中華全國工商業聯合會。第十五條各級工商聯定期召開會員大會或代表會議，其職權如下:
(壹)制定或者修改章程；
(二)決定工作方針和計劃；
(三)聽取、審查、通過工作報告和預算；
(四)選舉或者罷免執行委員和監督委員；
(五)討論其他重要事項。