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核酸檢測的物質是病毒的核酸。核酸檢測是查找患者的呼吸道標本、血液或糞便中是否存在外來入侵的病毒的核酸，來確定是否被新冠病毒感染。因此壹旦檢測為核酸“陽性”，即可證明患者體內有病毒存在。
新冠病毒感染人體之後，首先會在呼吸道系統中進行繁殖，因此可以通過檢測痰液、鼻咽拭子中的病毒核酸判斷人體是否感染病毒。所以說，核酸檢測陽性可以作為新型冠狀病毒感染確診的新標準。
檢測新型冠狀病毒特異序列的方法最常見的是熒光定量PCR。因PCR反應模板僅為DNA，因此在進行PCR反應前，應將新型冠狀病毒核酸逆轉錄為DNA。
在PCR反應體系中，包含壹對特異性引物以及壹個Taqman探針，該探針為壹段特異性寡核苷酸序列，兩端分別標記了報告熒光基團和淬滅熒光基團。
探針完整時，報告基團發射的熒光信號被淬滅基團吸收；如反應體系存在靶序列，PCR反應時探針與模板結合，DNA聚合酶沿模板利用酶的外切酶活性將探針酶切降解，報告基團與淬滅基團分離，發出熒光。
每擴增壹條DNA鏈，就有壹個熒光分子產生。熒光定量PCR儀能夠監測出熒光到達預先設定閾值的循環數與病毒核酸濃度有關，病毒核酸濃度越高， Ct值越小。不同生產企業的產品會依據自身產品的性能確定本產品的陽性判斷值。