著作權登記可以有效維護作者和權利人的合法權益，其提供的著作權登記證書可以證明權利人可以打擊侵權盜版行為。版權登記是保護作者權利的第壹步；其次，各地版權局通過發布註冊作品、建立註冊作品信息查詢系統等方式加強對註冊作品的保護，讓潛在的版權購買者查詢註冊作品；第三，各地版權局對註冊作品采取強有力的行政措施，通過法律手段加強對註冊作品的保護，特別是當這些作品受到侵權(如盜版)時，可以通過強有力的行政力量打擊有利版，保護著作權人的合法權益。對於數字作品，更需要創設版權登記。
數碼照片、彩鈴、彩信、網絡遊戲、漫畫、博客文章等數字作品在網絡環境下很容易被復制，使得這些作品的盜版更容易。著作權登記後，借助行政機關可以更好地保護著作權人的利益。如北京數字作品版權登記平臺的建立，增強了確認版權歸屬的能力，有效保護了數字作品不受非法篡改，有效打擊了網絡侵權行為，提高了版權執法水平。
在版權糾紛中，雖然可以提供手稿和相關協議來證明，但是要證明壹些未發表的作品是原作者是非常困難的，提供證據也非常困難。如果有著作權登記的話，作品的歸屬會由各地的作品登記機構進行審查，審查過的作品的登記會更客觀，更有證明力。比如，在申請作品註冊時，北京版權局進行類似實質審查的審查，要求作者親自到版權局陳述創作經歷，版權局對作者的創作能力進行審查。
同時要求作者提供作品說明，這樣嚴格審查後頒發的著作權登記證書也比較有力度。在實際司法實踐中，很多法院在處理著作權糾紛時，在沒有相反證據的情況下，推定著作權登記證書的登記人為權利人，這也是對著作權登記的壹種肯定。