（壹）貫徹執行有關交通運輸、港口和航運行業的法律、法規、規章和方針、政策；研究起草有關交通運輸、港航管理的地方性法規、規章草案和政策，並組織實施。
（二）根據本市國民經濟和社會發展總體規劃，負責制定交通運輸、港口等發展戰略，編制交通運輸專業規劃和行業中長期規劃並組織實施，編制上海港口（含洋山新港區）的總體規劃，並組織實施；根據有關法律、法規和規章的規定，負責港口的岸線、陸域、水域行政管理，負責上海港引航監督管理；負責浦東國際機場、虹橋國際機場等空港地區有關行政管理。
（三）會同市有關部門，組織實施交通運輸、港航體制改革工作，研究提出本市交通運輸、港航發展的相關政策；參與制定與交通運輸、港航相關的經濟政策和調控措施；負責編制交通運輸、港航年度供應計劃、重點基本建設和技術改造計劃、科技和信息化發展計劃，並監督實施；組織實施國家有關技術標準，起草有關地方技術標準。
（四）會同市有關部門，參與城市道路、公路路政管理；負責協調推進交通樞紐、道路客貨運場站、公***交通站點、公***停車場（庫）等的規劃建設；負責道路停車管理相關職責；負責上海港口公用基礎設施、內河航道的規劃和管理工作，負責內河航道建設立項預審工作；負責客貨運輸市場的建設和管理。
（五）負責征繳、代征國家和本市規定的涉及交通運輸、港口和航運的有關規費和其他費收；提出市管交通運輸、港口和航運行業的運價和收費標準，經批準後組織實施；參與對交通運輸、港口、內河航道建設市場秩序的監管。
（六）負責對交通運輸、港口和航運的行業管理工作，研究制定全市交通運輸、港口和航運市場的交易規則、管理制度和管理辦法；負責交通運輸企業經營資質、新增運力、線路資源配置的審核、審批和招投標管理工作；負責屬於地方政府管理權限的國際海上運輸、沿海運輸和長江運輸的行業管理工作；負責沿海、國際航線的備案受理工作。
（七）承擔交通運輸、港口和航運行業的安全質量監管責任，組織對交通運輸、港口和航運行業服務質量的監督檢查，對港口建設項目的工程質量、安全實施監督；負責地方海事工作；組織協調交通運輸、港口重大突發事件、重大災害事故和重大服務供應事故的應急處置；承擔交通運輸、港口和航運行業的經營秩序、安全生產，以及所轄通航水域的衛生防疫、船舶汙染防治的監管責任。
（八）負責組織協調本市交通運輸、港口和航運設施、機場的配套工作；對交通運輸、港口和航運行業市政府實事工程項目實行全過程管理；會同有關部門，組織協調交通運輸、港口和航運、機場有關基礎設施項目的建設管理；對軌道交通、港口、機場等規劃控制區域範圍內新建、改建、擴建項目提出意見。
（九）負責專項客貨運輸的組織協調；負責協調推進聯合運輸、多式聯運等綜合運輸工作；承擔全市無人看守鐵路道口監管責任；參與有關國家重點物資和緊急、特種物資以及軍事、搶險救災物資交通運輸的組織協調；參與市域和對外交通以及“春運”期間交通的綜合協調。
（十）組織、指導、協調並監督交通運輸、港口和航運行業的行政執法工作，組織實施路政執法；加強交通運輸、港口和航運行業的國際交流與合作。
（十壹）承擔有關行政復議受理和行政訴訟應訴工作。
（十二）承辦市政府交辦的其他事項。