近十年來，我院完成設計科研項目千余項，獲得國家、交通部、上海市、中國交通建設股份有限公司優秀成果獎數十項，其中國家優秀成果獎11項，交通部優秀成果獎22項，上海市、中國交通總公司優秀成果獎25項。值得壹提的是，2007年是公司成立以來獲得部級以上獎勵次數最多的壹年。僅今年，上海航道院就獲得部級以上優秀成果獎10項，其中“長江口深水航道整治工程成套技術”獲2007年國家科技進步壹等獎。上海國際航運中心洋山深水港區壹期工程設計、長江口深水航道治理二期、三期工程可行性研究報告、上海液化天然氣項目壹期碼頭及輸氣管道工程可行性研究等。榮獲交通部優秀成果獎、長江口深水航道南北支新流河防沙堤及南沙頭航道潛堤可行性研究、大陸線航道治理壹期工程(臨港)多年來，我院精心開展航道、疏浚、整治、填方及其配套專業等核心技術的研發和應用，初步形成了壹系列核心技術，如:航道淤積研究；航道疏浚設計優化技術；港口和海岸線規劃研究；土壤處理技術；土工織物和袋裝砂設計技術(納入交通部相關設計規範)；船舶交通管理控制系統技術；吹填土路堤的土質研究:沈管法隧道基槽設計研究技術:環境保護與景觀疏浚設計研究技術；潮流、風浪、泥沙測試和雙通道測深；浮泥觀測技術和ADCP、DGPS應用技術；淺層剖面和淺層鉆探相結合的工程地質勘探技術等。上海航道院通過發揮科技優勢，不斷創新，不斷完善，形成了沿海航道工程設計研究的專業特色，近年來業務水平始終保持行業領先地位。在知識產權方面，公司已獲得土工布袋、混凝土聯鎖塊軟體排、砂肋軟體排、砂漿塊石立面與鋼筋混凝土墻組成的護岸墻、可多次充填的大型充填袋、組合式管狀充填袋等實用專利10多項。“軟土充填袋築堤反壓固化法”已獲國家知識產權局確認。
近年來，隨著國內市場競爭的日益激烈，我院提出了“設計與施工掛鉤，國內外市場並重，建設國際工程公司”的總體經營思路，國內外市場得到了進壹步發展和鞏固。在國內，長江口、環渤海地區、內河生態領域的市場經過多年的精耕細作，在各方樹立了良好的口碑和形象，形成了國內市場“三足鼎立”的格局；在國外，非洲、拉美、中東項目的相繼洽談和實施，形成了國外市場“多點開花”的良好局面，為打造國際工程公司奠定了基礎。