據中國媒體報道，專家學者對其中“七大千古之謎”尤其爭論不休，但都因沒有確鑿證據而成為懸案。
第壹謎，三星堆文化來自何方？
對於這個問題，目前有其來源與岷江上遊新石器文化有關、與川東鄂西史前文化有關、與山東龍山文化有關等看法，即人們認為三星堆文化是土著文化與外來文化彼此融合的產物，是多種文化交互影響的結果。但究竟來自何方？
第二謎，三星堆遺址居民的是什麽族？
目前有氐羌說、濮人說、巴人說、東夷說、越人說等不同看法。多數學者認為岷江上遊石棺葬文化與三星堆關系密切，其主體居民可能是來自川西北及岷江上遊的氐羌系。
由於三星堆出土的人物頭像和面具等造型很奇特，有人推測是“外來文明”，甚至聳人聽聞的說法：“外星文明”。
但四川省文物考古所專家、三星堆遺址保護站站長陳德安說，出土文物並不是寫實的，那些頭像和面具可能是當時人們心目中的“神靈”，用那些奇特的造型來判斷當時的人種“說服力不是很強”。
第三謎，三星堆古蜀國的政權性質及宗教形態究竟如何？
三星堆古蜀國是壹個附屬於中原王朝的部落軍事聯盟，還是壹個相對獨立的已建立起統壹王朝的早期國家？它的宗教形態是自然崇拜、祖先崇拜還是神靈崇拜？或是兼而有之？這些問題目前都還沒有答案。
第四謎，三星堆青銅器群高超的青銅器冶煉技術及青銅文化是如何產生的？是蜀地獨自產生發展起來的，還是受中原文化、荊楚文化或西亞、東南亞等外來文化影響的產物？
第五謎，三星堆古蜀國何以產生、持續多久，又何以突然消亡？
古蜀國繁榮持續了1500多年，然後就突然消失了。在歷史重新銜接時，中間已有2000多年的神秘空白。
古蜀國究竟如何滅亡，目前有水患說、戰爭說和遷徙說，但都沒有非常充分的理由。
第六謎，出土上千件文物的兩個坑屬何年代及什麽性質？
目前，年代爭論有商代說、商末周初說、西周說、春秋戰國說等，性質有祭祀坑、墓葬陪葬坑、器物坑等不同看法。
第七謎，晚期蜀文化的重大之謎“巴蜀圖語”。
三星堆出土的瑰寶－－世界最早的金杖－－等器物上的符號究竟是文字？是族徽？是圖畫？還是某種宗教符號？可以說，如果解開“巴蜀圖語”之謎，將極大促進三星堆之謎的破解。
據媒體昨天引述考古隊，發掘工作還須進行“壹二十年”。考古專家認為，隨著青銅器的礦料來源、鑄造技術等的綜合研究，三星堆的千古之謎將逐漸破解。