負責機關會議組織、文電管理、信訪信息、文秘事務等日常政務，以及財務、資產管理、接待聯絡、保密安全等行政事務；負責機關的綜合協調、監督和督辦。
(2)政策法規科
組織研究全市公路水路交通發展戰略和產業政策；執行交通法規；承辦相關行政執法、行政復議和行政訴訟，指導交通行業法制工作和體制改革；負責治理公路“三亂”工作；監督檢查全市交通運輸業客運、貨運、修理業主和經營者的違法經營行為；監督涉及管理單位和檢查人員的政策、法規和規章的執行情況；指導全市運輸市場的管理和整頓。
(3)綜合規劃科
擬定全市交通行業發展規劃和相關計劃；承擔國家投資、省級投資、省與地方聯合投資和利用外資公路基礎設施建設項目的前期工作；負責全市交通行業的技術改造和設備計劃的編制和上報；負責交通基礎設施管理和項目立項申報；組織重大工程技術問題的研究，參與重大質量事故的處理；參與組織協調市重點項目的預可行性研究報告和可行性研究報告，負責初步設計安排和驗收審批，確定項目的技術標準和方案；負責工程技術咨詢、交流、引進和重大工程技術的討論和處理。負責全市交通行業的綜合統計和信息工作。
(4)財務審計科
執行交通行業的財務會計規章制度；指導和監督直屬單位和交通系統的財務工作和國有資產的保值增值；負責公路交通基礎設施建設的招商引資、融資和專項資金管理等財務工作；執行國家和省的審計規章制度；負責市級交通專項資金審計和局直屬單位行政負責人離任審計；指導交通系統內部審計。
(5)人事教育組
負責機關和直屬單位的組織、人事和勞動保護工作；承辦智力引進和對外勞務合作工作。擬訂公路水運行業科技、教育和信息化相關政策、中長期發展規劃和年度計劃並監督實施；組織重大科技項目的研究、推廣和應用；承擔開展對外交通科技合作與交流；承擔相關標準、質量和計量工作；承擔涉及綜合交通運輸系統的標準協調工作；承擔交通行業信息化建設和信息資源開發利用管理工作。
(6)安全信訪科
制定公路、水路安全生產政策和應急預案並監督實施；指導安全生產和應急體系建設；承擔公路、水路運輸企業安全生產的監督管理；組織協調國家和省重點物資運輸和應急客貨運輸；依法組織或者參與相關事故的調查處理。負責接待上訪人員，做好集體上訪人員的疏導工作；負責來訪期間突發事件、重大信訪和異常、突發信訪的聯系和處理。
(7)交通行業管理科
參與制定道路水路交通行業發展規劃、政策和管理標準；負責全市交通運輸的組織和結構調整，指導交通運輸技術裝備建設，協調和指導城鄉各種運輸方式的銜接；負責組織協調重點物資、應急客貨運輸和節假日客運；負責城市客運管理(包括城市公交、出租車等。);指導和協調全市交通行業管理工作；組織開展交通行業環境保護和節能減排工作；按規定負責物流市場的管理。負責全市公路建設經營單位的信用登記管理和公路建設市場的管理；負責全市交通行業運輸票證的發放和路政管理；指導和監督票務人員及相關票務單位的管理工作。
(8)交通戰備科
組織制定全市交通戰備公路中長期發展規劃和年度計劃；承擔全市戰備公路建設和養護的組織實施工作；承擔公路交通戰備物資的儲備和調撥；承擔軍民溝通協調、國防動員等相關工作。
(9)政治工程科
負責組織和指導基層黨組織的全面工作；負責處級幹部管理和幹部培訓計劃，組織實施對處級以下幹部的考核；負責黨員組織關系的轉移和黨員統計工作；負責交通行業人才隊伍建設；負責離退休幹部的管理和服務；指導直屬單位離退休幹部的管理和服務工作；宣傳和貫徹黨的路線、方針、政策；負責黨員教育；負責全面的幹部政治思想理論學習和思想政治工作，負責統戰和普法工作；負責綜合指導全市交通系統的精神文明建設。
中央紀委(監察室與其合署辦公)。按照幹部管理權限，負責全市交通系統的紀檢工作。