第壹，科研機構設置及其科研方向涵蓋了整個藥學領域
該院可以進行化學合成藥、微生物與生化藥、中藥及中藥現代化制劑、藥物新型制劑品種的研究開發以及有關重大品種生產工藝的技術創新。近年來，國家食品藥品監督管理局、科技部等部委相繼在我院設立了藥物制劑國家工程研究中心、國家（上海）新藥安全評價研究中心、國家藥品包裝材料科研檢測中心、國家醫藥工業信息中心等 4 個國家級中心。目前，我院已具備與國際接軌的科研設施和科研水準。
第二，成為國家醫藥工業科研人才的重要聚集地和輸出源
我院現有中國工程院院士 2 人，享受國務院特殊津貼專家 71 人，國家新藥評審專家 12 人。我院是藥學壹級學科博士學位授予權單位，擁有藥學領域所有學科的博士生培養資格，先後向社會輸送研究生 500 余人。自 2000 年 2 月起，與上海交通大學***建 “ 上海交通大學藥學院 ” ，目前我院在讀研究生達 200 多人。
第三，眾多科研成果推動了我國醫藥工業的發展
我院已累計獲得國家科技發明獎 14 項、國家科技進步獎 14 項、省部級和上海市各類獎項 300 余項。累計申請中國專利超過 300 項，授權專利 98 項，獲得新藥證書 248 本，科研成果產業化轉化率達 95% 以上。
第四，高新技術企業群初步凸現
作為科技型醫藥企業集團，我院擁有上海現代制藥股份有限公司、上海醫工院醫藥股份有限公司等控股公司。其中，由我院作為主發起人並聯合其它 4 家發起人、經過資產重組的上海現代制藥股份有限公司，已於 2004 年 6 月成功上市（股票代碼 600420 ），成為市場號召力極強的公眾公司。
上海醫藥工業研究院立誌成為國家和上海的醫藥行業的科技創新基地，並將形成產學研壹體化的高新技術醫藥企業集團