1.不動產權證書實際上可以同時證明房屋所有權和土地使用權，而房屋所有權證只能證明房屋所有權，不能證明土地使用權。這是兩份文件的主要區別。
2.辦理房屋所有權證的人在房產管理部門，而辦理房產證的人是管理房屋所有權和土地使用權的部門。
3.房產使用權是有時間限制的，房屋所有權屬於壹種私有財產權，使用時間是永久的。
擴展數據
房屋所有權概述
1，占有:是產權人對其房屋事實上的控制；占有是房屋所有權的基本內容。沒有占有，就沒有所有權。但占有不是萬能的，因為占有分為有人占有和非所有人占有、合法占有和非法占有、善意占有和非善意占有。
2.用途:根據房屋的性能使用房屋是產權人的權利；使用權的行使必須符合下列條件:
(1)不損害房子的本質。
(2)根據房屋的自然性能、經濟性能和規定的土地用途使用房屋。
(3)遵守法律和道德，不損害公共利益和他人合法權益。
3.收入:財產所有人收取財產產生的收益的權利；比如把房子租出去拿租金，把房子作為合夥企業拿分紅等等。
4.處分:是財產所有人在事實上或法律上對財產的處分權。如出售、出租、抵押、典當、贈送、拆除等。處分權是房屋產權的核心和最基本的權利。處分權壹般只能由房屋的產權人行使(法律有特殊規定的除外)。
5.期限:房屋所有權由房屋所有權和土地使用權兩部分組成。其中，房屋所有權的期限是永久的，而土地使用權根據相關法律法規的規定，有40年、50年、70年不等。期滿後，可再次繳納土地出讓金，取得土地使用權。
房屋所有權是壹種絕對權利，即權利人可以不借助他人的積極行為而直接實現自己的權力。
另外，房屋所有權可以設定抵押，但不能設定質押，因為根據物權法定原則，只能設定票據、股票、股份、知識產權等有價證券和壹般債權作為質押。
特性
1.房屋所有權的對象是具有壹定結構可以使用的房屋，而不僅僅是構成房屋的材料。未形成房屋或拆除房屋的材料不能成為房屋所有權的客體。
2.房屋所有權和土地使用權的分離。當房屋所有權發生變化時，土地使用權也發生變化，反之亦然。
3.公房和使用權分離很大。國家享有所有權，國有企業、事業單位和其他組織享有使用權。
4.房屋所有權可以轉讓，但受土地使用權轉讓的限制。因為房屋所有權與土地使用權不可分割，不可轉讓使用權的土地上的房屋所有權不能轉讓；非法轉讓土地使用權會導致該土地上的房屋轉讓無效。
5、房屋所有權的設立和轉移，需要辦理房屋所有權登記和變更登記手續。不辦理房屋權屬登記或者變更登記手續，不發生房屋權屬確定或者房屋權屬轉移的效力。
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