壹是中醫藥文化傳承嚴重不足。中醫理論博大精深，中醫的發展首先要學習和繼承，否則就會成為無源之水。但幾十年來，不僅外人鄙視中醫文化，中醫界本身也不重視對中醫基礎理論的研究和掌握。除了少數知名中醫有紮實的中醫文化功底外，大部分中醫的中醫文化功底嚴重不足。這樣下去，過不了幾年，中醫文化可能只停留在經典裏，沒有人真正理解和掌握。？
第二，中醫研究被動模仿西醫模式。在中醫領域，很多人用西醫理論來修正中醫理論，認為這就是創新；用西醫生化的方法發展中醫，以為這就是中醫科學化；中藥的臨床療效是用西藥的理化統計指標來衡量的，認為這是中藥的標準化。正因為如此，我國中醫重大理論和方劑的研究並沒有太大的進展，只是在某些領域和方面取得了壹些成果，有些也只是和西醫差不多。？
第三，中醫本身有壹定的局限性。主要原因是中醫固有的壹些特點不適應市場經濟的趨勢。中醫秘方深藏民間，神秘而私密。目前的知識產權保護方式很難對其進行保護，導致其難以普及。中醫經典語言難讀，理論深奧，由於傳統文化教育的缺失，現代人難以掌握；中醫師徒重視個人和家庭紐帶，不同於現代公立通識教育。如果不把兩者結合起來，不註重臨床實踐和以身作則的教學，很難培養出更多的中醫人才。中醫的個體化治療雖然代表了未來的醫學方向，但並不符合市場經濟占領市場份額、追求利潤最大化的要求。在現實利益的驅動下，人們往往重視西醫，輕視中醫。？