承包人擅自變更設計發生的費用和由此導致發包人的直接損失，應由承包人承擔。
合同約定：
在承包合同中，通常會明確規定工程設計的變更必須經過雙方協商壹致，並且需要簽署變更合同或補充協議。如果承包人未經允許擅自變更設計，違反了合同約定，應當承擔相應責任。
違約行為：
承包人擅自變更設計屬於違約行為。根據合同法第十三條規定，當事人應當按照約定履行義務。承包人未經授權擅自變更設計，違反了合同約定，違反了履行合同的義務，因此應承擔相應的違約責任。
費用和損失責任：
承包人擅自變更設計往往會導致額外的費用產生，例如重新設計、材料更換等，這些費用應由承包人承擔。此外，由於擅自變更設計可能會造成項目延誤、工程質量問題和發包人的直接經濟損失等，承包人也應當對此負責。
工程設計的註意點：
1、深入了解需求
在開始設計之前，必須清楚理解業主的需求和目標，包括功能、規格、預算、時間等方面。與業主充分溝通，確保設計與需求相符。
2、遵守相關法規和標準
設計過程中必須遵守適用的法律法規和技術標準，例如建築法規、安全規範、環保要求等。確保設計方案符合法規要求並能夠提供安全可靠的工程。
3、綜合考慮可行性
設計師應綜合考慮技術、經濟、環境等因素，確保設計方案的可行性。例如，考慮材料選擇、施工工藝、能源效益等，以達到最佳的工程成果。
4、系統性思維
工程設計需要全局考慮，將各個部分有機地結合在壹起。設計師應從系統的角度思考，考慮不同組成部分之間的協調性和相互影響，以實現整體效果的優化。
5、安全與可持續發展
設計時應註重安全性和可持續發展。考慮災害防護、消防安全、人員流動、環境友好等因素，為工程提供安全可靠的解決方案，並最大限度地減少資源消耗和環境影響。