自然人電子稅務局扣繳端添加公司的方式如下：
1、進入後出現實名登錄界面，點擊右側申報密碼登錄，出現已有企業的賬戶信息，輸入登陸密碼進入；
2、登錄進入自然人電子稅務局後，點擊右上角的單位管理；
3、進入單位管理界面，點擊添加按鈕；
4、在添加單位界面，輸入納稅人識別號，點擊保存；
5、如果添加成功，就會彈出添加成功的界面，如果添加不成功，需要檢查納稅人識別號是否正確；
6、添加完成後即可在單位管理界面看到已經添加的單位，顯示待申報，點擊進入按鈕，進入登錄界面，即可使用相應單位密碼進行登錄。
《中華人民***和國個人所得稅法》第十條
有下列情形之壹的，納稅人應當依法辦理納稅申報：
（壹）取得綜合所得需要辦理匯算清繳；
（二）取得應稅所得沒有扣繳義務人；
（三）取得應稅所得，扣繳義務人未扣繳稅款；
（四）取得境外所得；
（五）因移居境外註銷中國戶籍；
（六）非居民個人在中國境內從兩處以上取得工資、薪金所得；
（七）國務院規定的其他情形。
扣繳義務人應當按照國家規定辦理全員全額扣繳申報，並向納稅人提供其個人所得和已扣繳稅款等信息。