醫保中心的主要職責是貫徹國家、省、市有關醫療、工傷、生育保險的政策規定，制定全市醫療保險具體業務流程和操作規範並組織實施。負責醫療、工傷、生育保險基金的管理和支付，嚴格執行醫療、工傷、生育保險財務管理制度，確保基金安全。
還組織制定實施了醫療保險基金監督管理辦法，建立健全了醫療保險基金安全防控機制，推進了醫療保險基金支付方式改革。組織制定醫療保障籌資和待遇政策，完善動態調整和區域調劑平衡機制，統籌城鄉醫療保障待遇標準，建立健全與籌資水平相適應的待遇調整機制。
沈陽醫保中心有內設機構。
1.待遇保障部門:制定全市城鎮職工基本醫療保險、城鎮居民基本醫療保險、生育保險、市級公務員補貼和大額醫療費用補充保險的發展規劃、法規、規章及相關配套政策、具體待遇和支付政策，建立健全醫療保障關系轉移接續制度。
3.醫療服務管理與信息處:擬定醫保目錄和支付標準，建立動態調整機制，承擔醫保目錄準入相關工作。制定定點醫療機構醫療保險協議和支付管理、異地就醫管理辦法和結算政策，組織醫療保險支付方式改革，組織藥品、醫用耗材和醫療技術的經濟評價。