1、政府改組問題。14日，國民黨代表提出《擴大政府組織方案》，表示可將國民政府委員會委員在原有基礎上增加1/3，即由36名增至48名；主張國民政府委員要由政府主席提請選任黨外人士充任，由主席提出經國民黨中央執行委員會通過，委員中國民黨員要占穩定多數，以確保其領導地位；國民政府主席有緊急處置權，國府委員會職權中無用人權。此方案仍然是維護國民黨的壹黨專政和實行個人獨裁，遭到與會各方代表的反對，經過辯論協商後，國民黨被迫讓步，28日達成了《關於政府組織問題的協議》，規定國民政府委員會為政府之最高國務機關，可討論與決議立法原則、施政方針、軍政大計、財政計劃及預算、各部長官及監察委員之任免、主席交議的事項等。協議還規定國府委員為40人，半數為國民黨員，但施政綱領變更時須2/3的委員通過；還規定必須有3/5的國府委員同意時，國府主席方可使用否決權。
2、施政綱領問題。16日，中***代表團提出《和平建國綱領草案》，吳鐵城、章伯鈞、常乃德等也在討論中提出了各自的方案。最後，以中***提出的方案為依據，協商通過了《和平建國綱領》。綱領中確定了用“政治方法解決政治糾紛，以保持國家的和平發展”的原則。同時就人民權利、政治、軍事、外交、經濟、財政、教育及文化等方面都做了具體規定。
3、軍隊問題。軍隊問題是鬥爭的焦點。國民黨堅持“軍令政令統壹”的方針，要中***將武裝交給政府。青年黨也強調要中***交出軍隊，再實行民主政治。民盟主張國***雙方都交出軍隊。中***代表認為，軍隊國家化必須以政治民主化為前提。現政府是獨裁政府，如不廢除獨裁制，中***將軍隊交出，只能為國民黨吞並、消滅。因此，軍隊國家化和政治民主化必須同時進行。經過激烈爭論，達成《關於軍事問題的協議》，明確了建軍原則：軍隊屬於國家，軍人責任在於衛國愛民；確立了整軍原則：實行軍黨分立，軍民分治，以政治軍等；由三人軍事小組照原訂計劃，確定整編國民黨軍隊和解放區軍隊的辦法。
4、國民大會問題。17日，國民黨方面提出《關於國民大會之意見》，主張於民國三十五年五月五日召開“國民大會”；第壹屆“國民大會”的職權為制定“憲法”，1936年選出的國大代表仍然有效，在此基礎上合理增加名額。對此，中***、民盟等代表表示反對，但為顧全大局，最後做了壹些讓步，達成《關於國民大會問題的協議》。這個協議同意將原有的選舉法產生的區域和職業代表1200名保留，增加臺灣、東北等地區的代表150名及各黨各派、社會賢達代表700名，***計2050名代表。還規定憲法的通過，須經出席代表四分之三同意。
5、關於憲法草案問題。國民黨代表堅持將1936年通過的《五五憲草》塞給大會，其他各方代表壹致反對。國民黨被迫同意組成新的憲法草案審議委員會，對《五五憲草》進行審議和修訂，然後提交“國民大會”審議。最後，會議通過了《關於憲法草案問題的決議》，確定了國會制、內閣制、省自治制的政治制度。