由於綜合保稅區整合疊加了保稅區、出口加工區、保稅物流園區(中心)的所有政策和功能，所以國家稅務主管部門出臺的針對保稅區、出口加工區、保稅物流園區( 中心) 的優惠政策全部適用於空港綜合保稅區。但是投資商需要註意的是，稅收優惠只適用於增值稅、消費稅。而對於企業所得稅， 雖然貨物進入保稅區內視同出口，可以享受出口退稅，但仍然是《企業所得稅法》規定的中國境內企業，只是特殊封閉區域的企業，不因為地域特殊而享受特殊的所得稅減免優惠。另外，地方各稅也不予減免。
另外， 由於名義退稅率的存在， 並不能實現全部退稅，貨物在向國外出口時企業實際負擔了壹部分增值稅。所以，如果能將高附加值部分的加工在空港綜合保稅區實現， 就可以節約不少稅收成本。
由於綜合保稅區整合疊加了保稅區、出口加工區、保稅物流園區(中心)的所有政策和功能所以針對空港綜合保稅區的稅收優惠政策也就是保稅區、出口加工區、保稅物流園區(中心)的稅收政策。
另外綜合保稅區享受優惠政策需要註意的五個方面內容：
（壹） 對區外企業銷售給區內企業、行政管理部門並運入保護區供其使用的生活消費用品、交通運輸工具，海關不予簽發出口貨物報關單(出口退稅專用)， 稅務部門不予辦理退(免)稅。所以，不能把此類銷售也視同出口要求退稅。
（二）區內加工企業和行政管理部門從區外購進基建物資時，需向當地稅務部門和海關申請。在審核額度內購進的基建物資，可在海關對出口加工區進行正式驗收、監管後， 憑出口貨物報關單(出口退稅專用)向當地稅務部門申請辦理退(免)稅手續。但基建物資購入必須事先申請，且在審核額度內購進的才能申請辦理退(免)稅手續。
（三）區內企業委托區外企業進行產品加工，壹律不予退(免)稅。在選擇委托加工對象時，要考慮區內與區外企業的不同成本。
（四） 對區外企業銷售給區內企業、行政管理部門並運入出口加工區供其使用的進口機器、設備、原材料、零部件、元器件、包裝物料和基建物資，海關不予簽發出口貨物報關單(出口退稅專用)， 稅務部門不予辦理退
(免)稅。
（五）區內生產企業從區外購進的水、電、氣，凡用於出租、出讓廠房的，不予辦理退稅。已辦理退稅的，區內企業應在出租、出讓行為發生的次月，向主管出口退稅的稅務機關申報並繳納已退還的稅款。加工貿易吧百度貼吧