日本軍旗和國旗的區別為：
壹、旗幟圖案不同
1、日本軍旗：軍旗又稱為旭日旗，是帶有紅日和旭日光芒圖案的壹種旗幟，是原日軍以及現在的日本自衛隊所采用之軍旗幟。
2、日本國旗：旗面為白色，正中有壹輪紅日的太陽旗為日本國旗。
二、代表意義不同
1、日本軍旗：有16道血紅的光芒線，又被稱為“旭日旗”，代表了日本天皇對於軍隊的格外重視。
2、日本國旗：旗面上壹輪紅日居中，輝映著白色的旗面，白色象征神聖、和平、純潔及正義，紅色則象征真摯、熱忱、活力和博愛。
三、對於軍人的意義不同
1、日本軍旗：在戰場上日本軍人會優先保護軍旗，避免軍旗被敵人繳獲，凡日軍新編成之步兵及騎兵聯隊，必由天皇親授軍旗，以為部隊團結之核心，將士對軍旗之精神，舉世無比。所以哪怕是戰敗，也不能丟失軍旗。壹旦軍旗丟失或者被敵軍繳獲，那這支部隊的番號就會被撤銷，而且永遠不會再組建。
2、日本國旗：日本的軍隊都是使用軍旗，所以基本上軍隊不會有國旗。