(1)充分利用個體及其父母、同胞、後代等所有信息,提高了育種值估計的準確性;(2)可消除環境因素造成的偏差,獲得個體真實的育種值;(3)能校正由於選配所造成的偏差,例如優良公豬配質量不同的母豬;(4)能考慮不同群體、不同世代的遺傳差異;(5)當利用個體的多次記錄時,可將由於淘汰所造成的偏差降到最低。例如繁殖母豬淘汰的胎次不同。
上述優點,決定了BLUP法對家畜育種值估計的優越性。研究表明,利用BLUP法對低遺傳力性狀和限性性狀進行選擇,可以獲得較大的選擇反應,遠遠優於其他方法。例如豬的繁殖性狀,用BLUP法選擇產仔數這壹種遺傳力的性狀,與個體表型選擇相比,遺傳進展可提高33%,而對於高遺傳力的性狀如背膘厚度則可提高12%。
同時還需要指出,BLUP法僅是壹種特殊的統計分析方法,此方法是否能完全體現它的優越性,關鍵要以壹定的育種措施,如合理的選種選配、科學的性能測定、完整的記錄系統、人工授精系統、數據處理系統等多項育種工作為基礎,以先進的計算設備為手段,以優秀的計算軟件為工具,以嚴密的育種組織為保證。