三國、戰國與仙界各自回歸本位。 在與《無雙大蛇》中的真蛇遠呂智結束戰鬥的數年後，這份和平再度被打破，隨著巨大怪物妖蛇的突然出現，城鎮紛紛遭到襲擊吞噬，整個世界再度陷入壹片渾沌之中，同時妖魔們更聚集在秘密復活的魔人平清盛之下，並唿應妖蛇的行動不斷襲擊人們。 在這場集結了妖蛇與妖魔之亂的混戰中，眾多的武將們壹壹被打倒而下落不明，幸存的人們雖然超越國家的隔閡限制集結在壹起***同抵抗妖魔軍，但在妖魔軍與妖蛇的強大力量之下，卻只有不斷重復敗北的命運而已。就在這樣絕望的狀態下，幸存的豪傑馬超、司馬昭與竹中半兵衛三人立下拚死的覺悟與僅存的夥伴們壹起出發尋找對抗妖蛇的方法。但是妖蛇過於強大以至於隊友全部陣亡，三人也處於被妖魔軍包圍的絕境。此時，擁有時空穿越之力的仙人輝夜姬下界拯救三人並將其帶到安全區域（陣地）。輝夜姬也道出了可以通過返回過去改變未來從而壯大討伐軍力量的方法，同時為了能救出在戰鬥中死去和被妖魔操縱的其他同伴，三人開始了回到過的時光之旅…