學校的前身是廣東省1954年創辦的海南黎族苗族自治區師範學校和1958年創辦的海南黎族苗族自治州師範專科學校。後幾經分合、調整、更名,於1993年組建為瓊州大學(專科)。2006年升格為本科院校,更名為瓊州學院。2015年9月,更名為海南熱帶海洋學院。
據2016年1月學校官網資料顯示, 學校建有三亞、五指山兩個校區,校園總占地面積1487.1畝,總建築面積38.58萬平方米。設有21個二級學院和3個系;擁有教職工1100余人,其中專任教師663人;擁有全日制在校生14640人,其中碩士生51人,本科生11354人、專科生3235人,留學生69人。