眾所周知不銹鋼電熱蒸餾水器在蒸餾壹段時間後，水垢就驟在橫式燒瓶內及加熱管表面上，這時必須要進行清洗，否則會影響加熱的效率，清洗的此時主要視自來水的硬度和使用時間而定，如儀器長時間不進行清洗，要影響蒸餾效果，嚴重的藥損壞加熱管，並且清洗時間要延長。
清洗步驟
1.切斷電源，關上自來水
2.加熱濃鹽酸100ml到燒瓶內，與瓶內的水釋鹽酸，如積垢較多鹽酸可多加壹些，數分鐘後由水位器放出，最後用自來水沖洗數次，為了清除微量鹽酸，可將燒瓶前後搖動，使不易清洗的死角沖洗為止。
3.當再次蒸餾時，開始10分鐘內所蒸餾的水廢棄使用。
清洗註意事項
采用二次蒸餾裝置必須註意水位的控制，因冷卻水的水不再經過水位器再直接排放掉，燒瓶水位智能依賴燒瓶及進行控制水位器來進行控制，在任何情況下，燒瓶內水不允許放完，因此燒瓶容積不宜少於2升（即2小時以上的蒸餾量），不然，在蒸餾時應該常加水，以免斷水而燒壞儀器。