合作區設立管理機構，在合作區管轄區域內行使地級市經濟管理權限，對合作區的經濟事務實行統壹領導和管理。第三條 合作區管理機構行使依法授權或者委托（以下統稱調整）的經濟管理權限。
除經濟管理權限以外的其他權限，按照屬地管理原則依法實施。第四條 省人民政府根據實際需要，建立健全合作區經濟建設工作協調機制，負責指導和協調合作區建設發展中遇到的重大機制體制問題和跨部門、跨地區的重大事項。第五條 清遠市人民政府、佛山市順德區人民政府建立合作區建設工作聯席會議，對涉及合作區建設和管理的重要事項進行溝通、協商，統籌解決合作區建設管理中遇到的重大問題。經過協商未能達成壹致意見的重大事項，可以報請省人民政府協調解決。第六條 清遠市人民政府、佛山市順德區人民政府、英德市人民政府和合作區管理機構應當根據合作區經濟建設和管理的需要，研究提出需要省人民政府及其有關部門支持的事項，由合作區管理機構報送省人民政府及其有關部門。
省人民政府有關部門應當在各自權限範圍內予以支持。第七條 清遠市人民政府、佛山市順德區人民政府、英德市人民政府及其部門應當根據合作區經濟發展的需要，及時將相關經濟管理權限調整由合作區管理機構行使。第八條 法律、法規、規章規定由縣級以上地方人民政府或者其部門行使，但未具體明確分級管理權限的經濟管理權限，由合作區管理機構直接行使，但需由上級行政機關統壹協調管理的事項除外。第九條 法律、法規、規章規定由地級市人民政府及其部門行使的經濟管理權限，可以委托合作區管理機構行使。第十條 原須經清遠市人民政府、佛山市順德區人民政府及其部門審核後報省人民政府或者其部門審批的行政許可、非行政許可類審批事項，已經由清遠市人民政府、佛山市順德區人民政府及其部門調整由合作區管理機構審核的，合作區管理機構可以直接報省人民政府或者其部門審批，同時報清遠市人民政府和佛山市順德區人民政府或者其部門備案。第十壹條 合作區管理機構行使經濟管理權限的具體事項目錄，經合作區建設工作聯席會議通過後，由合作區管理機構統壹向社會公布。第十二條 根據合作區改革發展的需要，經省人民政府批準，省人民政府有關部門可以將部分經濟管理權限調整由合作區管理機構行使，具體程序按照《廣東省縣鎮事權改革若幹規定（試行）》執行。第十三條 合作區管理機構應當建立和完善監督管理制度，建立健全行政審批電子監察系統，依法規範經濟管理權限的行使。
合作區管理機構應當按照便民、高效的原則，簡化程序，推行行政人員首問責任制和限時辦結承諾等制度，提高辦事效率，縮短辦理期限。第十四條 合作區管理機構應當建立和完善行使經濟管理權限的程序制度，明確經濟管理事項、辦理依據、申請條件、辦理程序與時限、收費標準、辦理結果及監督辦法，並在辦公場所及政務網上公示。
合作區管理機構應當明確各工作機構的崗位職責，並對外公布。第十五條 合作區管理機構作出重大決策應當依法實行公眾參與、風險評估、合法性審查和集體討論決定等程序。不符合本條規定和其他法定程序的，不得作出決策。第十六條 合作區管理機構根據精簡、高效的原則，可以實施相對集中行政處罰權，保障法律、法規、規章的實施，保護公民、法人和其他組織的合法權益。第十七條 合作區管理機構可以根據合作區的經濟發展需要，制定規範性文件，在合作區管轄區域內實施。第十八條 合作區應當做好合作區基礎設施及公***設施配套，註重軟環境打造，為進駐合作區的投資者及企業員工等提供良好的工作、生活環境。