上海市交通運輸和港口管理局的內設機構

（壹）辦公室（信訪辦公室）

（二）組織人事處

（三）法規處（區縣指導處）

（四）財務處

（五）安全監督處

（六）客運處（軌道交通處）

（七）貨運處（靜態交通處）

（八）港務監管處

（九）航務監管處

（十）引航管理處

（十壹）綜合規劃建設處

（十二）交通保障協調處

（十三）科技信息處

（十四）合作交流處

（十五）洋山港區管理辦公室

（十六）空港地區管理處