1、公司停薪留職不合法。停薪留職是為了使特定職工有期限離崗停薪並保留職工身份，而由用人單位與該職工依法簽訂的，約定停薪留職期間雙方相互權利和義務的合同。目前國家出臺的關於停薪留職的規定的前提是員工個人申請，經企業批準後申請人才會停薪留職。
2、法律依據：《企業職工帶薪年休假實施辦法》第四條
年休假天數根據職工累計工作時間確定。職工在同壹或者不同用人單位工作期間，以及依照法律、行政法規或者國務院規定視同工作期間，應當計為累計工作時間。
第七條
職工享受寒暑假天數多於其年休假天數的，不享受當年的年休假。確因工作需要，職工享受的寒暑假天數少於其年休假天數的，用人單位應當安排補足年休假天數。
二、停薪留職需要哪些手續
1、職工首先應提出書面申請，經企業批準，並簽訂停薪留職協議書。若做停薪留職申請，未經企業批準就擅自離職，企業要按違反勞動紀律處理；
2、在停薪留職期間，企業停發工資、獎金、各種津貼和補貼，職工停止享受勞保福利等待遇。職工應按月向原單位繳納待業保險基金、養老保險基金及其他費用；
3、停薪留職期間按期繳納費用的職工可計算連續工齡，在停薪留職期滿前既未辦理復工手續，又未辦理辭職和調動手續的，企業待職工停薪留職期滿後可按自行離職處理，並發給離職證明書。