我國綠色金融存在諸多問題，主要體現在以下幾個方面：
壹、綠色金融發展還缺乏良好的政策和市場環境
我國環保政策、法律體系還不完善。環境經濟政策也還處於醞釀和探索階段地方保護主義、政策執行不力等現象在環保領域還比較普遍，環保信息也還不透明。2008年來，國家環保總局進行的四次環評執法，靠的全是直接叫停大項目、區域限批、流域限批等行政手段，長期效果十分有限。雖然，我國已將節能減排指標納入地方政府的政績考核指標體系，但在具體領域、具體項目、具體企業，環保政策的實施還不是非常順利。我國對環保違規信息還缺乏完善的發布機制。金融機構不僅缺乏環保專業知識，也面臨信息獲取的高成本問題。現中國人民銀行征信系統《企業基本信用報告》所能提供的“環保信息”涉及的企業範圍還很窄。金融機構對大多數不屬於國家監控範圍的企業、項目的環保違規情況，只能通過實地調查或媒體報道獲得，有的甚至難以獲得，信息極不對稱。
二、綠色金融的發展還缺乏內外部激勵和監督
我國金融機構股東、投資者、員工環境保護和社會責任意識還不強。金融機構內部在公司治理方面還沒有建立起與綠色金融配套的制度，也缺乏符合綠色。
金融發展需要的約束激勵機制。這樣，金融機構內部的環境保護和社會責任意識還很容易被繁重的經營考核壓力和誘人的經濟效益沖淡。從外部來看，政府部門還沒有建立起對金融機構發展綠色金融的激勵機制，我國企業和個人“綠色消費”意願還不夠強烈，對金融機構的監督不足。
三、金融主管部門綠色金融發展戰略安排和政策配套比較欠缺
現金融主管部門的綠色金融政策目標也還主要停留在限制對“兩高壹資”企業的信貸投放和促進節能減排短期目標的實現上，對綠色金融缺乏完整的戰略安排和政策配套。金融主管部門還沒有全面承擔起綠色金融理念的傳播、引導職責。在國際合作領域，金融主管部門也未見有積極動作。金融機構缺乏對國際綠色金融發展最新趨勢、環境風險評估技術和環境風險管理經驗的了解、學習渠道。
四、金融機構發展綠色金融的戰略準備工作進展還比較緩慢
綠色金融還沒有完全提升到我國金融機構的戰略層面，戰略準備工作還沒有全面展開。部分已經進入實踐探索階段的金融機構，其綠色金融發展實際上也大多還停留於某些具體經營層面，還沒有制定專門的綠色金融戰略目標和發展規劃。我國金融機構也還沒有有效展開組織保障、企業文化(包括信貸文化)、人才、政策的戰略準備工作。我國金融機構在如何將環境因素嵌入業務決策流程、如何開發綠色金融產品和服務、如何進行環境風險評估和管理等諸多方面還需要不斷學習。