團委下設組織部、宣傳部、社會實踐部和科技創新部四個部門。
組織部是院團委下設的負責團委的正常工作及全院***青團思想建設、組織建設及***青團幹部培養和管理的重要職能部門。
宣傳部負責全院***青團的宣傳工作，及時了解和掌握全院團員青年思想狀況和要求，根據上級團組織的指示精神，研究制定宣傳教育工作計劃並組織實施。
社會實踐部負責全院的社會實踐工作，規劃制定全院學生社會實踐活動的工作計劃並組織實施。
科技創新部負責為全院同學參加全國大學生科技比賽（包括全國“挑戰杯”大賽，中國大學生創意創業大賽，中國平安勵誌大賽，triz理論大賽，中國移動杯、昆山杯等大賽）及其相關活動提供理論指導 。 理學院考評中心的組織機構體系日益完善、分工愈加精細。由辦公室、考評部、管理部、考勤部、素質拓展部組成。
考評中心以服務於廣大同學為中心，旨在通過聯合學生會、團委、指導中心組織部分活動在德、智、體等各方面為廣大同學提供發展的機會，進而提高廣大青年同學的創造力和邏輯思維力，培養廣大同學的良好的個性品質和樹立正確的世界觀、人生觀和價值觀；並鼓勵廣大同學擁有廣泛的興趣愛好，以備將來成為與時俱進的當代新型人才。 理學院的考評工作壹直以來講究效率。關鍵在於日常的基礎工作抓得實，為工作的高效率而善於摸索、發現與創新。做任何工作要有腳踏實地的態度，尤其像考評部的工作，她需要公正的心和嚴謹的態度。而壹切事物發展都要建立在優化與創新的基礎之上，我們在傳承前人的同時要有大膽和創新的精神 。 理學院勤工助學隸屬於東北林業大學校勤工中心，是理學院團委領導下的壹個院級服務性學生組織。中心自成立至今，工作人員壹直本著“精誠團結、親密合作、積極創新、努力發展”的工作原則，秉持無私奉獻、真誠服務的精神幫助了廣大同學。
為了更好地為同學們服務，中心下設辦公室、指導部、助貸部及誌願者服務部四個部門 。 理論指導中心全稱為“大學生科學理論學習和思想道德修養指導中心”，是壹個以加強同學們科學理論學習和提高同學們思想道德修養為宗旨的獨立的學生機構，是校指導中心下設在理學院的分部。
為了合理有效的進行工作，理學院指導中心下設三個部門，分別是辦公室、政教部、素教部 。