1890年春，康有為遷居到廣州城內的祖宅“雲衢書屋”，開始收徒教學。1891年，在長興裏邱氏書室，正式設立學館，初稱“長興學舍”。次年移置於衛邊街鄺氏祠。1893年冬，再遷至府學宮文昌殿後的仰高祠，租賃十年，作為講學之所，定名為“萬木草堂”。至1898年，戊戌政變時，遭清政府封禁為止，前後開辦了九年。?
雖說康有為以前在南海銀塘鄉，鄉居之時，曾經為本家諸弟授讀，偶爾也收教過別家的子弟。但這壹次不同，他是懷著明確信念，自覺地把講學作為維新救國事業來做的：欲任天下之事，開中國之新世界，莫亟於教育。?
廣州是嶺南兩粵的人文首區，當時城內外的書院、學館林林總總，可惜絕大多數都只教授科舉考試的那些內容。盡管如此，教育領域畢竟已經在起變化。若幹著名書院如“學海堂”、“菊坡精舍”、“禮山草堂”、“廣雅書院”等，雖基本上仍囿限於傳統文化範圍，還能不習八股，而以經、史、性理、詞章、訓詁等學為內容，並增設輿地、歷算等實學科目，提倡經世致用。?
康有為創辦的“萬木草堂”，便借鑒吸取了“學海堂”、“菊坡精舍”、“廣雅書院”等的有益經驗，也承繼了他曾師從過的朱次琦主講“禮山草堂”的積極傳統，如不習八股、自立日記、設置學長、激厲氣節、註重經世濟民等等。?
另方面，清政府派遣四批幼童留學美國。幼童之中，粵省穗府籍貫者占數大半。省城的官辦洋務，如廣州同文館、廣州水陸師學堂等，皆開教有相當系統的西學課程。外人在廣府地區私辦西式學校，如南華醫學院、真光女校、培英書院、培道女學堂、格致書院等，也漸見規模。這些情況，顯然也會對同城而後起興辦的“萬木草堂”，形成積極學習西方知識的教育方向，發生影響。?
“萬木草堂”並非也不可能是康有為個人的憑空創造。實與當時的傳統舊式書院、官辦洋務學堂、外人私辦學校等的教學背景不可脫離：有所承繼，有所借鑒，有所改造，有所創新，而後形成“萬木草堂”的獨家特色。?
然而，“萬木草堂”的優超之處，則在於從辦學的根本指導思想，到具體的教育內容、學風等等，都努力貫徹著與時俱進的維新改革精神。?
從最早接受第壹個正式學生陳千秋的入學起，康有為便為“萬木草堂”確定下了“仁道合群”的辦學方針：凡講學莫要於合群，益以得智識交換之功，而養團體親愛之習；與諸子日夕講業，大發求人之義，而講中外之故，救中國之法。即是要辦成壹所政治學校，培育變法救國的人才隊伍，造就有組織的維新政治力量。?
“萬木草堂”的教學內容，以傳授康有為的變法思想為中心。德育居十之七，智育居十之三，而體育亦特予重視。曾在“萬木草堂”擔任學長，協助康有為講學的梁啟超，回憶當時的具體學習課程，以孔學、佛學、宋明理學為體，以史學、西學為用。著重政治原理學、中國政治沿革得失、政治實應用學、群學等“經世之學”的教育：講中國數千年來學術源流歷史、政治沿革得失，取萬國以比例推斷之。西學方面，不僅有地理學、數學、格致學、外國語言文字學，還有萬國史學、萬國政治沿革得失、泰西哲學等。並開設有音樂、西式軍事體操、演說、遊歷等科目。又建有圖書室、儀器室，供學生閱覽、試驗。不搞考試制度，而由學生各置壹本劄記簿，逐日自記。記録個人品德修養，交友、行事，課內學習與課外讀書的心得等之外，並要求記述時事見聞，關心國家政治。每月月初，繳呈老師，予以批答。其教旨專在激厲氣節，發揚精神，廣求智慧。引導學生，重精神，貴德育，善察中國歷史之習慣，對治中國社會之病源。?
晚清時期，封建衰世，知識界學風之壞，如梁啟超描述，學者壹無所誌、壹無所知，惟利祿之是慕，惟帖括（科場八股）之是學。如此氛圍之中，“萬木草堂”則發揚其生氣蓬勃的優良學風，格外突出、可貴。