事發水果店位於清華大學西區小集貿市場東側，市場西側是清華大學的口腔門診。
據口腔門診的李大夫介紹，昨天中午11點40分，壹名戴著眼鏡、身高1米7左右的男子推開屋門，雙手捂住下體，喃喃地說，“請問有麻醉藥嗎？”詢問得知，男子下體疼痛不已，欲使用麻醉藥止痛。“我告訴他這裏的麻醉藥是牙科專用的，不對癥”，男子思索片刻後，轉身離開。李大夫說，交談中，她看到男子的褲襠處被血跡浸透。離開口腔門診後，男子跑向小集貿市場東側的壹家水果店。
“那人用桌上的水果刀直接割了，太狠了”，據水果店老板華女士回憶，男子進店後稱買水果，卻在店內反復踱步。華女士發現對方下身有血，袖口裏還藏著把銼刀。男子突然拿起桌上的水果刀，並將牛仔褲解下。華女士見狀非常害怕，急忙跑到店外求救。華女士說，1分鐘後，男子雙手拎著牛仔褲奪門而出，再次向口腔門診方向跑去。其間，男子將壹塊血肉模糊的東西扔在街頭。她返回店內，發現地上血跡斑斑，男子攜帶的銼刀和水果刀扔在地上,“我當時差點吐出來，趕緊打電話報警”。 據清華大學口腔門診的李大夫說，大約10分鐘後，男子再次推門而入，牛仔褲被血跡染紅，“我當時也看傻了，告訴他這裏治不了”，建議其去校醫院查看。隨後，男子強忍疼痛，向清華大學校醫院方向跑去。
據校醫院外科急診醫生介紹，那名男子將自己的生殖器割掉，傷勢嚴重，在為其傷口進行簡單包紮的同時，撥打急救電話，準備叫救護車送該男子到大醫院，進行手術。然而，該男子卻趁醫生換藥時逃離醫院，不知去向。
正當醫生們四處尋找時，突然得知隔壁的近春園賓館有人跳樓。“我們趕到時，他已經跳下來了。”經判斷，跳樓男子與閹割自己的男子為同壹人。賓館前臺工作人員回憶，男子進門時通過樓梯步行至三樓，從盡頭的陽臺外跳下。監控視頻顯示，男子跳樓前未與其他人交流。事發後，999急救人員趕到，將其送往北京大學第三醫院搶救。急救人員說，男子跳樓後意識模糊，無法言語，詢問閹割原因未果。
昨天中午，數十人在市場附近圍觀，警方將男子閹割下的生殖器拾起，並由校醫院工作人員送往北醫三院。記者趕到時，現場僅留下壹條黑色皮帶。
附近多位目擊者證實此事，但大家均稱從沒見過該男子。有目擊者稱，男子曾出現在附近壹食堂內，就餐後躲進壹棟宿舍樓，出來後便發現其下體有血，加之其手中持有銼刀，“很可能是躲在樓裏用刀傷了自己”。另有人猜測，男子身材瘦小，著裝偏女性，疑其閹割是為變性。但這些猜測均未得到官方證實。