1999年9月，於勇從阿壩地區公安機關調入成都海關緝私局，當時，轟動壹時的廈門遠華集團特大走私案案發，全國各走私犯罪偵查機關按照黨中央、國務院、海關總署的部署，抽調警力組建“4?20”專案組進行偵破。成都海關緝私局接令後，研究決定指派於勇前往廈門參戰。廈門遠華集團特大走私案涉及多個黨政部門，還有不少海關關員參與了走私，偵破此案是壹場反走私的鬥爭，更是壹場反腐敗的鬥爭，壹場聲勢浩大的政治鬥爭。於勇深知此行任務重大，將面臨巨大的困難和壓力。但他沒有半點推托，毅然開赴偵破前線，盡管為此他不得不將婚期推遲。於勇在出色完成了專案數項偵破任務之後，才利用短暫的三天假期回蓉舉行的。婚禮剛壹結束，他就又告別了妻子，南下繼續征戰。這件事還曾經被改編成小品《新婚之夜》，送到海關總署參加演出。 於勇前後幾次參加過專案，每次都克服了自身和家庭中的各種困難，從來沒有因為家庭影響過工作。8?15專案組派他去汕頭，當時他的妻子剛剛懷孕，正是妊娠反應最強烈的時候，母親也在生病，但他什麽都沒說。後來他妻子生小孩，他也是在專案組，還是局裏打了幾次電話到總署，要求給他休假。他這才回來照顧妻子生產。由於長年在外偵辦案件，饑飽不均、晝夜顛倒，生活極無規律，於勇患上了嚴重的膽結石和痔瘡。但於勇從來沒有叫過壹聲苦、喊過壹聲累。1999年底“4.20”專案中，壹名逃犯逃竄到哈爾濱，接到消息後，於勇立即和同事們踏上追捕的路途，從炎熱的海南壹直追到冰天雪地的哈爾濱。連續蹲點守候三天三夜，終於將逃犯抓獲。 2001年，於勇任“3?16”專案抓捕組組長，當時的抓捕工作形勢十分嚴峻，專案組初期又面臨人手不夠、裝備不齊、工作量大的種種困難。於勇率領抓捕組全體幹警排除畏難情緒，克服困難，按照上級要求，展開全方位大量細致的基礎工作。截至2002年底，於勇帶領抓捕小組參與抓獲犯罪嫌疑人14人，為3?16專案審訊組、單證組等其他部門開展工作創造了有利條件，保證了全案的順利推進。2002年10月，成都海關緝私局成功破獲“1.18”跨國走私毒品案是成都關區迄今破獲的最大宗毒品走私案。該案成功告破後，得到海關總署盛光祖副署長的祝賀和表揚。2003年，於勇因在該案中表現突出榮立個人三等功。在前期偵查工作中，必須從有關通信資料和航班資料中整理歸納出準確有效的信息。要在成千上萬雜亂無章的信件和票據資料中發現蛛絲馬跡，談何容易。但於勇沒有壹絲壹毫的退縮，他充分發揮自己過去在地方公安技偵部門工作過的優勢，從接到毒案線索起，就默默工作、壹絲不茍，連續兩個星期吃、住都在辦公室，對各種資料進行耐心細致的整理分析，茶水越泡越濃，盒飯越吃越難吃，漸漸地毒犯們的種種意圖和安排變得清晰起來，他終於理出了壹幅毒犯們的電話聯絡圖和分工活動圖。為辦案幹警理清了思路，也為成功繳獲毒品抓獲毒犯打下基礎。
2002年在偵辦“8.15”專案時，於勇和他所在的偵破小組要對十幾家可疑單位的公司、人員資產進行查控，調取、查證、核實這些涉案公司、人員在各大小銀行全部相關的資料，弄清其資金流向，固定證據。這要求辦案人員有相當水平的金融、會計知識，能熟悉有關的工作流程。面對這又壹重的考驗與挑戰，於勇毫不畏懼，又拿出當初在“4?20”專案組時的勁頭，抓緊壹切時間學習，研讀金融、會計書籍，向銀行工作人員虛心求教，最終在極短的時間內練就了過硬的查賬本領，圓滿完成了任務。