1 接種箱滋生黴菌引起的汙染
也許有人會認為，接種箱是用於接種的設備，要經常消毒，而且每次使用前都要經過消毒處理，怎麽也會生長黴菌呢？其實，這是壹種誤解。首先，接種箱多為木質結構，木材中含有豐富的木質纖維素，它是各種黴菌生活的良好營養成分；其次，接種箱的使用隨生產而具有季節性，每年都有較長壹段時間閑置未用，在這段時間內，就極有可能出現黴菌汙染。那麽，在什麽情況下接種箱才會出現黴菌汙染呢？接種箱被汙染多是出現在接種箱閑置未使用的時候，但筆者認為，引起汙染的直接原因往往並不在這段時間，而是在生產季節接種箱被使用的時候。在使用接種箱時，生產者操作不規範或使用不當都會使接種箱過於潮濕，比如讓培養基或菌料等撒落箱內而沒有及時清理，或者由於接種箱內外溫差較大，引起箱內而沒有及時清理，或者由於接種內外溫差較大，引起箱內熱空氣遇冷凝結成水珠等。接種箱受潮後，如果沒有及時通風排濕，這樣在接種箱閑置不使用的時候，就很容易滋生黴菌。
針對上述引起接種箱汙染的原因，要防止汙染，在實際工作中，壹是要在接種箱使用時，盡量降低接種箱內的濕度。要避免培養基、菌料或酒精棉球等直接落入箱內，如不謹掉入箱則應盡快清理；
要避免接種箱內外出現溫差而引起受潮，具體應做到：
（1）料袋或料瓶滅菌後應充分冷卻再進入接種箱內進行消毒處理，以免引起接種箱內溫度過高；
（2）消毒劑的用量要嚴格按照規定使用。目前常見的消毒劑如氣霧消毒劑、福爾馬林等，在使用時都是利用這些物質發生氧化反應來產生煙霧或蒸汽，從而達到對空氣消毒的目的。我們知道，氧化反應往往會產生大量的熱量，因此，在保證消毒效果的前提下，消毒劑的使用不宜過量；
（3）提高接種速度，控制好接種時間。接種速度慢、時間長，不僅工作效率低、生產周期長，而且酒精燈長時間燃燒會產生大量的熱量，使箱內溫度過高。此外，接種時間長，也會延長培養基、菌種等在空氣中暴露的時間，這樣會增加雜菌汙染的機會。二是在接種箱長期閑置不用時，應將接種箱箱蓋、袖套口及時打開，以利通風排濕。實際上，在生產上要完全避免接種箱受潮往往是很難做到的，但問題的關鍵是當生產季節結束以後，就應及時進行通風降濕，並將接種箱放置在通風幹燥的地方。
如果接種箱已經出現了黴菌汙染，那麽又如何處理呢？在實際工作中，有些生產者對這個問題往往重視不夠，或者根本就沒有意識到這個問題，在使用接種箱時仍按照常規的方法進行消毒處理（殊不知在消毒劑的使用濃度和消毒時間不延長的情況下，消毒劑的消毒效果與空氣中的雜菌的數量是密切相關的），結果往往就會“不明”原因的大規模汙染。接種箱出現黴菌汙染以後，實現要用酒精棉球或蘸有福爾馬林的棉球擦拭肉眼可見的黴菌，然後，再用福爾馬林進行熏蒸或用氣霧消毒劑消毒，這樣連續處理2次-3次以後才能使用。
2 接種操作引起的汙染
接種在食用菌制種和栽培上是非常重要的環節，對控制好雜菌汙染至關重要。接種時要求生產者應嚴格掌握微生物無菌操作規程，概括起來，主要有以下幾點：
2.1 各種接種工具和用品等應隨同料袋、料瓶、菌種等壹並進行消毒處理，應當盡量避免在操作過程中向箱內傳遞物品。
2.2 進箱操作前，在箱外用清水洗凈雙手，進箱後再用酒精棉球擦拭雙手和接種工具，並對接種工具用火焰灼燒滅菌，在接種過程中還要定期用火焰滅菌。
2.3 對於試管種的擴大培養，試管應平持，試管口不能朝上，同時試管口也不要離開酒精燈火焰，這樣才能達到火焰“封口”的目的。
2.4 接種操作要做到“輕、快、準”。“輕”是指接種時動作幅度不要太大，以減少空氣波動；“快”是指動作操作要快，避免菌種和培養基在空氣中暴露時間過長；“準”指的是接種動作要準確到位，接種工具、菌種塊等不要到處亂撞、亂放。
2.5 接種操作完畢，及時移走物品，並將箱內收拾幹凈。
3 接種箱空氣引起的汙染
接種箱內空氣中雜菌孢子或微生物菌體數量直接影響到接種後培養物的純菌率。引起箱內空氣汙染的原因是多方面的，如消毒不徹底、接種箱密封性能差等。其中，消毒不徹底是引起箱內空氣汙染的最常見原因。消毒不徹底可能是由於消毒劑本身的原因引起的，比如，消毒劑效果差、用藥量不夠等，也有可能是由於長時間使用同壹種消毒劑（長期使用同壹種消毒劑引起消毒效果差，其原因如果能排除消毒劑本身的質量問題，從生物學的角度來說，往往是由於消毒劑對雜菌抗藥性變異的定向選擇作用，從而是雜菌抗藥性種群不斷增大。鑒於此，生產上應註意不同的消毒劑輪換使用）。此外，接種箱密封性能差也是造成空氣消毒不徹底的原因之壹。