崇明東灘位於上海市崇明島的最東端，南北瀕臨長江的入海口，向東緩緩伸向浩瀚的東海，並與南北大陸遙遙相對。崇明東灘保護區南起奚家港，北至北八滧港，西以1968年建成的圍堤為界限，東至吳凇標高零米線外側3000m水線為界，仿半圓形航道線內屬於崇明島的水域、陸地和灘塗。
崇明東灘保護區面積為326平方公裏，屬長江口典型的河口濕地。其中自然保護區在堤外灘塗的面積***265平方公裏，包括吳淞標高零米線以上的灘塗為120平方公裏，吳淞標高零米線以外寬度3000米內的水域145平方公裏。堤內以人工濕地為主的面積為61平方公裏。東灘候鳥保護區位於崇明島的東端，南北瀕臨長江的入海口，它是由長江裏的泥沙不斷淤積而成，總面積 45萬畝，還在以每年150米（大約13畝）的速度不斷向外延伸。
崇明東灘鳥類自然保護區記錄到的鳥類有265種，其中依賴濕地生活的水鳥140種，國家重點保護的34種，列入中日、中澳政府間候鳥及其棲息地保護協定的鷸類分別為156種和54種。另外，遷徙季節在崇明東灘逗留的有8個涉禽的數量超過世界種群數量的1%，在中國大陸回收的澳大利亞環誌的鳥類80%來自崇明東灘。崇明東灘還是多種生物周年性溯河和降河洄遊的必經通道。