事發現場天氣惡劣
失事的飛機降落時，正面臨著七八級陣風和降雨，且有打雷現象。當日，臺灣澎湖縣機場附近從上午9點到晚上7點，都始終有著每小時30毫米的雨量，到了晚上七八點，雨量增至為45.5毫米，“很大的雨”。飛機失事時，機場附近有著七八級大風，並且是西風，預報中心預報員蔡耀德表示，對於該機場跑道而言，其面對的是七八級的陣風。
中國民航科學技術研究院總飛行師劉清貴表示，從已知的信息來看，惡劣天氣是飛機失事的主要原因。2014年7月23日傍晚，2014年第十號臺風“麥德姆”剛剛過境，數據顯示澎湖當地風速、雨勢較大，加上飛機是夜間飛行，這些因素都會影響、幹擾飛行員視線。氣象觀測資料顯示，事發時澎湖馬公機場處在臺風尾部的逆時針漩渦中，天氣是強雷雨，西南風8級。另據臺灣民航部門提供的資料，23日晚7時澎湖雖有雷雨，但馬公機場能見度達1600公尺，符合降落標準，但10分鐘後已降至800公尺。復興GE222班機執行進場程序時，在晚上7時6分兩度呼叫重飛，但隨後即失去聯絡，接著墜毀在機場外西溪村。
中國民航大學副校長吳仁彪推斷：惡劣天氣情況下發生低空風切變可能是航班失事的主要原因。航班很可能在復飛過程中遭遇風向和風速的突然變化，導致飛機失速，此時由於離地面已很近，飛機沒有時間和空間恢復正常飛行狀態，從而導致失事。
壹位不願透露姓名的資深飛行員表示，應對風切變是飛行員的必練項目，但這種極端情況事發突然，容易讓飛行員措手不及。“風速突然改變，下降氣流瞬間增大，超過了飛機的爬升能力，導致飛機在拉起過程中墜地。”劉清貴介紹說，風切變會導致垂直運動的風速突然加速，產生猛烈的下降氣流，這種氣流持續時間很短，時速則高達200千米以上。氣流先是由空中垂直下沖逼近地面，然後呈輻射狀向水平方向散布開來。“飛機壹旦遭遇風切變，往往任其擺布而無法保持機體平衡，小型飛機尤甚。”他認為，飛機在著陸過程中本來就在不斷減速，遭遇猛烈氣流後更易瞬間失速，容易引發事故。
人為原因猜想
從各媒體的表述來看，事故時機長要求“重飛”，那麽就是不具備落地條件，然後飛機機頭朝下墜毀，明顯是壹種失速俯沖式墜毀，因為前面也有其他飛機在落地，所以這架飛機也有可能想跟著去落地，但是遇到比較強的風切了，超出該飛機的改出能力範圍。所謂改出，就是飛行員把飛機從失速的狀態調整到正常的可操縱狀態，通常就是指從危險的狀態下改變到正常狀態。
清華大學航天航空學院教授陳海昕表示，從披露的信息來看，飛機是機頭先墜地的，這種墜落姿態也有可能是飛機失速造成的，不壹定和風切變有關，也可能是操縱失誤。
復興航空GE222空難原因，外界多所揣測，不少人認為天氣是最大因素，包括澎湖有雷雨，飛機可能遭雷擊而空中爆炸，或突然側風過大或發生風切。還有人質疑飛機老舊；有人猜測機師可能疲勞駕駛。
飛行員出身的臺灣民航部門前負責人張國政說，重飛是為了更安全降落的做法，只要駕駛判斷無法順利降落，就可要求重飛。張國政也說，降落決定權交給駕駛很合理，只有駕駛最清楚飛機在天空中的實際環境，如果有突如其來的雷雨或風切，駕駛就要決定重飛或油門加速離開。
臺灣華航資深機師說，壹般飛行員平時接受模擬機訓練時，10次飛行大約就有8次的情況要執行重飛，就是要讓飛行員習慣各種不同天氣狀況下的操作及應變。
臺灣民航部門標準組長林俊良表示，飛機幾乎都可經由儀器降落，雖然復興GE222班機降落時天氣環境不理想，但仍在儀器降落可控制範圍內。
成立10多年的臺灣“飛安會”是獨立調查機關，呼籲外界莫任意猜測失事原因，因空難往往不是單壹因素，無論是天氣、機械或人為，都不是壹句話就可解釋，在黑匣子還未解讀出來前，所有猜測都不公平。
根據“飛安會”多年經驗，這次復興航空GE222空難，黑匣子中的座艙語音通話記錄器（CVR）若能完整解讀，失事原因大約就找到壹半，再依據另壹具黑匣子飛航資料記錄器（FDR）的飛行資料，比對飛行軌跡，就可清楚飛機重飛後發生了什麽問題。
臺灣“飛航安全調查委員會”執行長王興中表示，調查人員當天在飛機墜毀地前方的壹片樹林中發現碎片殘骸和散落物，樹梢有切削痕跡。這可能是失事飛機的第壹撞擊點。他說，調查團隊正比對碎片屬於客機哪個部分，希望綜合“黑匣子”等資料來還原整個墜機過程；並正陸續訪談目擊證人及部分機上生還者。