本館下設：辦公室；資源與技術中心（文獻資源建設部、技術支持部）；讀者中心（流通閱覽部、讀者服務部、人文創新事務部）；咨詢與研究中心（航運·物流咨詢研究部、科技·海工咨詢研究部、專利事務咨詢研究部）；國際海事研究圖書館（含上海國際航運文獻信息中心）。建有學生圖書館管理委員會、大學生讀書會、海事情報社。是學校“海大人文”品牌系列活動組委會成員和秘書處單位。
本館是中國高等教育文獻保障系統CALIS虛擬參考咨詢服務示範館，中國高校人文社會科學文獻中心(CASHL)成員館；上海市中心圖書館、上海市文獻資源***享協作網、上海高校網絡圖書館成員館；是涉海院校圖書館聯盟、上海行業情報發展聯盟發起單位；上海市科學技術情報學會副理事長單位。
本館並設：上海國際海事信息研究中心（SIMIC）、日本科學協會贈華圖書南方中轉站、上海海事大學科學技術情報研究所、教育部部級科技查新工作站（G12）、上海海事大學物流情報研究所，是中國物流學會首批產學研基地。
部門機構示意圖