1978年1月6日，時任全國人大副委員長、中央委員會副主席的陳雲同誌在給長寧縣的信中寫到：“1931年顧順章叛變後，上海臨時中央討論過余澤鴻同誌的工作問題，決定余澤鴻同誌去中央蘇區。”
余澤鴻在中央蘇區首先擔任中央局秘書長。年底，周恩來也轉移到中央蘇區，擔任了中***蘇區中央局書記、紅壹方面軍總政治委員。作為中央和軍委核心領導人之壹的周恩來，對曾與自已在上海中央風雨同舟4年之久的余澤鴻倍加“愛護”，力薦其擔任重要職務： 1932年8月，在第四次反“圍剿”戰鬥中，周恩來向中央局、江西省委提議：速將南豐、廣昌、黎川三縣組建中心縣委，鞏固和發展大片蘇區，並令余澤鴻負責組建中心縣委工作。月底，中***南廣中心縣委成立（轄南豐、廣昌、黎川三縣），余澤鴻任書記。時任余澤鴻警衛員的王敬群回憶到：“在廣昌我親眼見到朱德總司令、周恩來總政委帶數十名背駁殼槍的機關警衛人員來南廣中心縣委找澤鴻同誌了解情況並指示工作”。周恩來在廣昌見到余澤鴻時，特別囑咐余澤鴻：“南廣中心縣委要加強對建寧工作的領導……以鞏固和發展新蘇區”。
9月14日深夜，周恩來又親筆致信南廣中心縣委書記余澤鴻，對南廣中心縣委的工作作了具體詳細的指示，周恩來在信中指出：“我們要武裝宣傳隊，宣傳蘇維埃的政策和群眾得到的好處，與他們的痛苦對照；我們要有武裝割禾隊、分谷隊，要去割這些區域土豪的禾，分這些區域土豪的谷子，散給就地的貧苦群眾，而自己絕不帶走壹點。即使這些被欺騙的群眾不敢接受，我們放到他門口，絕不要拿走壹點，給他們以最後的影響。這種影響擴大了，我們便可請他們到已分了田的蘇區來參觀，給他們以實際的影響。有了這些初步工作，我們再進壹步以武裝隊伍去驅逐與消滅壹部分靖衛團，去占領那些未被赤化的區域，實行沒收地主土地與分田的發動群眾的工作，必能得到這些地域的群眾的擁護，必能爭取這些群眾到蘇維埃方面來。”
此時，正是反抗國民黨軍隊第四次“圍剿”的關鍵時候。蔣介石在外是大軍壓境，在內指示暗藏的特務混入革命隊伍，煽動群眾鬧事，動搖民心、軍心。日理萬機的周恩來，為何深夜寫信給余澤鴻，對南廣工作作如此細致的安排，這是有其深刻原因的：首先，組建南廣中心縣委，由余澤鴻擔任中心縣委書記都是周恩來提出的。余澤鴻剛從寧都中心縣委書記崗位上調來南廣不足壹月，對當地的情況並不完全熟悉，對下面壹些幹部的錯誤作法不了解，造成了“這次甘竹等地赤衛軍到南豐瑤湖的教訓”。因此，周恩來對南廣工作給予了極大的關註。從信中可看出周恩來對群眾的深厚感情和對做好群眾工作的極端重視，工作安排細致而深刻，體現了黨的第壹代偉人的高尚風範和品德；其次，周恩來深知南廣地處戰鬥前沿，是中央蘇區北面的門戶，面臨的困難很大。南廣地區能否守住，對於反“圍剿”取得勝利極為重要。因此，周恩來對余澤鴻領導的南廣工作給予了極大的關註。 1933年2月，上海臨時中央因處境日益惡劣而遷來蘇區，臨時中央負責人博古等隨之而來，“左”傾錯誤開始在中央蘇區泛濫。
此時的余澤鴻處境十分艱難，精神上受到了多方的壓力：壹是愛人吳靜燾4月28日在戰鬥中犧牲。當時，余澤鴻正在建寧召開的軍地幹部會議上傳達***產國際代表大會決議和中央關於建立閩贛省等決議，壹名戰士將吳靜燾犧牲的消息用紙條遞給臺上的余澤鴻，他看後若無其事的將紙條放在衣服的包裏，強忍著悲痛將會議開完。會後，他眼含淚水，親自為妻子擦洗傷口，為其穿上軍裝，親筆提寫墓碑碑文“吳靜燾烈士之墓”；二是受到“左”傾路線的打擊，面臨被撤職的困境；三是反“圍剿”戰鬥正進行得非常激烈，工作繁重。周恩來了解到余澤鴻的處境後，設法給予保護。5月7日，周恩來致電中央局：“余澤鴻以專任分區政委為好，因目前閩贛邊情形緊張，余巳有相當經驗，李德勝壹人實主持不下，望立復。”周恩來對余澤鴻的肯定，迫使閩贛省委保留了余澤鴻建黎泰軍分區政治委員的職務。 5月20日，閩贛省委撤銷了余澤鴻所擔任的建寧中心縣委書記職務。周恩來得知余澤鴻被撤職的消息後，於當日專們致電閩贛省委：“……乙，澤鴻如承認錯誤徹底，可否留在軍區政治部任壹部工作，請決定，望告知。”由於“左”傾路線的排擠，“在這種情況下，周恩來處境的困難是可想而知的。……只能提出建議，而這些建議又往往不被理睬。”由於當時的黨內鬥爭形勢，身處窘境的周恩來措詞諉婉，但對余澤鴻的掛念之情躍然在字裏行間。迫於周恩來的壓力，5月21日，閩贛省委書記顧作霖回電周恩來：“……分區仍由余（澤鴻）、李負責……”並解釋免余澤鴻職務的原因。
在中央蘇區，省級以上的幹部很多人都知道余澤鴻在上海中央擔任過秘書長，和周恩來有著深厚的感情；另壹方面，1929年中央在上海舉辦了幾期秘密的幹部訓練班。周恩來安排“由當時已從中宣部調回中組部的惲代英任幹部訓練班主任，黨中央秘書長余澤鴻任副主任……訓練班每期壹二十人，都是省委級以上的幹部”，蘇區很多高級幹部還是余澤鴻的學生，余澤鴻自身的影響力也比較大。因此，對余澤鴻的處理仍留有余地。5月23日，閩贛省委再次致電中央局征詢對余澤鴻的任職意見：“（壹），澤鴻同誌承認錯誤，我們擬委他作省委宣傳部幹事或軍區政治部宣傳部長，待審查其申明書後，再正式決定……”在蘇區政治鬥爭的漩窩裏，余澤鴻雖然受到“左”傾路線的打擊，但以後仍然擔任著紅軍大學副校長等重要職務。
1934年10月，余澤鴻參加了長征，任軍委幹部團政治科長、上級幹部隊政委等重要職務。1935年12月15日，余澤鴻在率領紅軍川南遊擊縱隊轉移中犧牲，年僅32歲。長征結束後，周恩來才得悉余澤鴻犧牲的消息，十分悲痛。1938年1月，余澤鴻的愛人、女紅軍李桂英（在紅軍縱隊時結為夫妻）被周恩來接到武漢。“宴會間，周恩來把壹位身材苗條、留著齊耳短發的女同誌介紹給大家：這就是李桂英（紅）同誌，長征中她沒有走到延安，但她走得比我們還要艱難啊！”隨後，周恩來將李桂英送到延安。