(2)法律部:負責起草相關法律法規和制度；審議和聽取審計業務事項；承擔機關文件的合法性審核；承辦審計行政復議、行政訴訟或省政府裁決中的有關事項；承擔審計法律法規的宣傳工作；檢查審計質量。
(三)內部審計監察部:指導、監督和管理全省內部審計工作，開展內部審計人員教育培訓，檢查內部審計工作質量，組織內部審計機構與國家審計機關和社會審計組織的協調與交流，指導、監督和管理內部審計機構依照法律和章程履行職責，組織對內部審計機構業務情況的專項調查。
(四)社會審計查證部:組織查證社會審計機構對依法屬於審計機關的審計監督對象出具的相關審計報告，監督檢查相關審計服務質量；組織社會審計組織與國家審計機關、內部審計機構的協調交流，組織對社會審計組織業務情況的專項調查。
(5)經濟責任審計辦公室:起草經濟責任審計相關規章制度，指導和協調經濟責任審計工作，審查經濟責任審計相關報告，組織經濟責任審計和專題調查。
(六)經濟責任審計壹處:承擔省級黨政機關領導幹部經濟責任審計，開展相關專項審計調查。
(七)經濟責任審計二科:承擔省直事業單位領導幹部經濟責任審計，開展相關專項審計調查。
(8)三項經濟責任審計:承擔全省國有企業領導人員經濟責任審計，開展相關專項審計調查。
(九)財政審計廳:承擔省級預算執行和其他財政收支以及市州人民政府預算執行、決算和其他財政收支的審計工作，開展相關專項審計調查。
(十)行政審計局:承擔省級預算執行部門(含直屬單位)財務收支審計工作，開展相關專項審計調查。
(十壹)農業資源環境保護審計廳:承擔省級主管部門管理的農林牧水利扶貧開發等專項資金審計，開展相關專項審計調查；承擔省級主管部門管理的資源能源開發利用和生態環境保護資金審計，開展相關專項審計調查。
(十二)固定資產投資審計:對政府投資和以政府投資為主的交通、水利、電力等投資項目進行專項審計或審計調查。
(十三)固定資產投資審計二所:承擔政府投資和市政建設、行政事業單位基本建設、以政府投資為主的工業和產業結構調整投資項目的專項審計或審計調查。
(十四)金融審計局:承擔本省地方金融機構的資產、負債和損益審計工作，根據審計署授權，對本省中央國有金融機構和中央國有資本控股或者占主導地位的金融機構的資產、負債和損益進行審計，並開展相關專項審計調查。
(十五)企業審計處:承擔省屬國有企業和國有資本控股或占主導地位企業的資產、負債、損益審計，以及省屬國有資本經營預算，開展相關專項審計調查。
(十六)社會保障審計處:承擔省級主管部門管理和其他單位、部門委托的社會保障資金和社會捐贈資金的審計工作，開展相關專項審計調查。
(十七)利用外資審計局:承擔國際組織和外國政府援助、捐贈、貸款項目的財務收支審計，接受審計局委托，提供世界銀行、亞洲開發銀行貸款項目審計報告，並開展相關專項審計調查。
(十八)人事部門:承擔機關及直屬單位的人事管理、機構設置、教育培訓、審計專業技術職稱評審等工作；承辦協助市州審計機關負責人的有關事項。
(十九)老幹部辦公室:負責機關及直屬事業單位離退休幹部的管理工作。
(20)機關黨委:負責機關和直屬單位的黨群工作。
(二十壹)駐廳紀檢組(監察室):負責駐廳黨組和全省審計系統的紀檢監察和行政監察工作；協助部黨組制定黨風、黨紀和行政監察宣傳教育計劃和工作要點，開展黨紀、政紀宣傳教育，落實黨風廉政建設責任制，糾正行業不正之風，監督檢查審計工作紀律；按有關規定參與黨組管理幹部的監督考核，接受信訪舉報案件的調查處理；完成省紀委、省監察廳、中央紀委駐審計廳紀檢組、監察局、省直機關紀委、審計廳黨組和行政領導交辦的其他工作。辦公室後勤服務中心:負責管理辦公室的固定資產、財產、房產、車輛、物業、保安及接待服務；負責辦公用品的采購、儲存、分發和維護；負責醫療衛生、計劃生育、環境衛生、基地綠化和建設利用、消防安全和綜合管理；承辦機關委托的部分行政事務。
審計科研培訓中心:負責全省各級審計機關的審計幹部培訓、審計科研、信息宣傳、交流和分發，承辦機關委托的部分行政事務。下設辦公室、科研部、培訓部、《甘肅審計》編輯部和《中國審計報》駐甘肅記者站。
計算機信息中心:組織協調全省審計機關信息化建設，負責黃金審計項目建設；組織計算機審計軟件和技術的推廣應用，實施計算機審計；負責辦公室信息系統、網站、電腦及相關設備的管理和日常維護；負責計算機審計骨幹培訓、信息工作和計算機審計技術成果評價；辦公室領導交辦的相關工作。