1、用途不同
對於變壓器而言，零序電流保護與間隙電流保護安裝位置壹樣，都安裝在主變的中性點，零序電流保護出口跳閘或發信（壹般選擇跳閘），間隙保護只是作用在間隙上的電壓超過間隙擊穿電壓時才動作，將中性點直接接地，無法直接跳閘。有時將兩者合並使用：將零電流保護安裝在間隙接地線上。
2、優點不同
帶方向性和不帶方向性的零序電流保護是簡單而有效的接地保護方式，其優點是結構與工作原理簡單，正確動作率高於其他復雜保護。整套保護中間環節少，特別是對於近處故障，可以實現快速動作，有利於減少發展性故障。
在電網零序網絡基本保持穩定的條件下，保護範圍比較穩定。保護反應於零序電流的絕對值，受故障過渡電阻的影響較小。保護定值不受負荷電流的影響，也基本不受其他中性點不接地電網短路故障的影響，所以保護延時段靈敏度允許整定較高。
間隙保護的優點是結構簡單、可靠、運行維護量小。在工頻、操作和雷電過電壓下都可對變壓器進行保護。
缺點是在三種過電壓這樣大範圍保護配合參數確定較為困難，放電分散性大，保護特性壹般，工頻續流較大，滅弧能力較差，而且間隙動作會產生截波，對變壓器本身的絕緣也不利。靠繼電保護切除故障，在系統的不對稱接地端路故障時有較大和較長時間的工頻零序電流沖擊主變壓器。
3、作用不同
零序電流保護指利用接地時產生的零序電流使保護動作的裝置，叫零序電流保護。在電纜線路上都采用專門的零序電流互感器來實現接地保護。中性點直接接地系統發生接地短路，將產生很大的零序電流，利用零序電流分量構成保護，可以作為壹種主要的接地短路保護。
間隙保護是成本最低，維護量最少的保護，主要用於過壓保護，在線路上用得最多。就是在線路的三相設三個對地的間隙，當電壓超過壹定的數值時，間隙擊穿短路跳閘。
參考資料：
百度百科-零序電流保護