文件第4條116規定:“企業從事國家發展和改革委員會等部門公布的《國家支持的高新技術領域和當前優先發展的高新技術產業化重點領域指南(2007)》中規定的項目的研究開發活動，允許在計算應納稅所得額時加計扣除在壹個納稅年度內實際發生的下列費用:
(a)新產品設計費、新工藝規程、與R&D活動直接相關的技術書籍和資料、資料翻譯費。
(二)在R&D活動中直接消耗的材料、燃料和動力費用。
(三)直接從事R&D活動的在職人員的工資、薪金、獎金、津貼和補貼。
(四)專門用於R&D活動的儀器設備的折舊費或租賃費。
(5)專門用於R&D活動的軟件、專利、非專利技術等無形資產的攤銷費用。
(六)專門用於中間試驗和產品試制的模具、工藝設備的開發制造費用。
(七)勘探開發技術現場試驗費。
(八)研究開發成果的論證、評估和驗收費用。雖然116號文件在八個方面做了具體規定，但往往有壹些開發費用不能正確判斷是否可以扣除，比如與八項費用相關或相近的是否可以扣除，或者從會計角度是否應該作為研發費用收取，但不在八項費用範圍內。為此，筆者分析了四項容易被質疑卻無法扣除的具體費用。
根據文件編號116，“直接從事R&D活動的在職人員的工資、薪金、獎金、津貼、補貼”可以扣除。因此，企業為直接從事R&D活動的在職人員收取或支付的費用與工資密切相關，如職工福利基金、職工教育經費、工會經費、養老保險、醫療保險、失業保險、工傷保險等。此外，作為文件編號116規定必須是“直接從事R&D活動的在職人員”，即使是直接從事R&D活動的，也是臨時離崗的外來R&D人員，或者為R&D活動提供直接管理和服務的人員，其工資、薪金、獎金、津貼、補貼等。不能加扣。
由於116號文件規定“專門用於R&D活動的儀器設備折舊費或租賃費”可以扣除，壹方面，即使是企業用於R&D活動的儀器設備也不能扣除，但這些儀器設備用於維護、修理、改造、改裝的費用(包括期間費用和資本化費用)不能扣除；另壹方面，企業用於R&D活動的儀器設備以外的其他固定資產的折舊費用和租賃費用，以及維護、修理、改造、改裝等費用(包括期間費用和資本化費用)不能加計扣除，如用於R&D活動的房屋、建築物、汽車等；此外，用於R&D活動和壹般生產的儀器和設備的折舊費用和租賃費用，以及維護、修理、改造和修改的費用，因為不是特殊的，所以不能加計或扣除。
文件編號116規定“專門用於中間試驗和產品試制的模具和工藝設備的開發制造費用”可以加計扣除。因此，用於中間試驗和產品試制的設備調整和檢驗費用、樣品、樣機和通用試驗手段的購置費、試制產品的檢驗費用不能加計扣除。根據文件編號116，“R&D成果論證評估驗收費用”可加扣。因此，R&D成果評估及知識產權申請費、登記費、代理費等費用不能加計扣除。
另外，因為documentNo。116沒有規定其他與R&D活動直接相關的費用可以加計扣除，企業發生的其他壹些與R&D活動直接相關的費用不能加計扣除，如會議費、差旅費、辦公費、通訊費、外事費、R&D人員培訓費、培訓費、專家咨詢費、高新R&D保險費等。
但必須註意的是，企業R&D活動依法取得知識產權後，在國內外發生的知識產權維護費、訴訟費、代理費、“打假”等相關費用，應如實從管理費用中列支，不得列為研發費用，也不得抵扣。
116號文件第八條規定:“法律、行政法規和《中華人民共和國國家稅務總局條例》規定不得在企業所得稅前扣除的費用和支出項目，不得計入研究開發費用。”因此，即使企業發生的成本或費用可以納入企業會計準則或企業會計制度，但根據稅法規定不能在所得稅前扣除的成本和費用，也不能按照研發費用扣除。比如企業為研發支付的新產品設計費、新工藝規程制定費或資料翻譯費，因為沒有合規票據，不能在稅前扣除；再如因支付給R&D人員的工資薪金未依法履行代扣代繳個人所得稅義務而不能稅前扣除的部分。