1、制藥工程專業就業方向：畢業後可制藥工程專業從事壹切與藥物有關的工作。研發人員：在藥廠、大學、研究所的研究部門，從事藥物研發工作；生產、技術人員：在藥廠，從事藥品生產、技術工作；質檢化驗人員：在藥廠、食品廠、藥檢所，從事食品藥品質檢化驗工作；管理人員：在藥廠，從事藥物的生產技術管理等工作；營銷人員：在藥廠、醫藥營銷公司，從事藥品營銷、內勤等工作；藥劑師：在醫院藥劑科，從事制劑、質檢、臨床藥學等工作;在藥店、醫藥營銷公司，從事藥品使用指導咨詢等工作。
2、藥檢人員：在藥檢所從事藥物的質量鑒定和制定相應的質量標準；公司職員：在醫藥貿易公司或制藥企業從事藥品流通及國內外貿；藥品監督人員：公務員，在國家、省、市、縣藥品監督局，從事食品藥品質量監督等工作；考研：報考生命科學、生物技術、藥學及相關專業的研究生。
3、制藥工程專業就業前景：這個專業學風不錯，教學老師水平較高，但是工作都是自己去找，所業就業率與學校無關。最近幾年化工特別缺人，所業應該不難就業。但是藥廠的車間操作工，實驗研究人員，分析人員，不是很缺。就業學生85%在藥廠，10%在化工，5%在其他行業，與本專業無關。