三種賬務處理程序的主要區別是登記總賬的依據和方法不同。
1、作用不同
記賬憑證賬務處理程序主要是用來存錢、取錢、轉賬的公司賬戶。
而匯總記賬憑證賬務處理程序用來辦理包括提現和發放員工工資福利等在內壹切符合法律法規的結算，而壹般存款賬戶只能辦理壹般的結算業務，不能提取現金和發放員工工資福利。
2、性質不同
記賬憑證賬務處理程序可辦理轉賬結算和現金繳存，不可以辦理現金支取。
匯總記賬憑證賬務處理程序可以隨時存入或取出資金，但是取出資金必須通過公司轉賬支票轉入公司基本賬戶中，然後再通過公司現金支票支取。
3、包括的範圍不同
記賬憑證賬務處理程序包括：行政管理和技術人員，材料采購、保管和駕駛各種機械、車輛的人員，材料到達工地倉庫前的搬運裝卸工人，專職工會人員、醫務人員以及其他由施工管理費或營業外支出開支的人員的工資。
而匯總記賬憑證賬務處理程序包含：個人從事設計、裝潢代辦服務以及其他勞務取得的所得。
4、開發票時填寫的信息不同
銷售方需要在記賬憑證賬務處理程序的“購買方納稅人識別號”欄填寫購買方的統壹社會信用代碼。購買方為企業的憑證，索取合並時，應向銷售方提供統壹社會信用代碼。
而銷售方為其提供母公司時，應在“購買方納稅人識別號”欄填寫購買方的納稅人識別號，不符合規定的發票，不得作為稅收憑證。