財務管理制度是基於企業生產經營過程中客觀存在的財務活動和財務關系而產生的，它是利用價值形式對企業生產經營過程進行的管理，是企業組織財務活動，處理與各方面財務關系的壹項綜合性管理工作。在財務管理過程中，針對籌資活動、投資活動、資金營運活動、分配活動而制定、遵守的法律、法規、規則、準則、方法等壹系列規範約束性條款，統稱為財務管理制度。
農民專業合作社的性質有別於其他集體所有制企業，也有別於壹般的盈利組織，主要體現自我服務的公益性。農民專業合作社是指在某壹產品的生產，某壹行業的經營或某壹服務領域***同組織成的合作經濟組織，完全按照合作制原則結成的經濟利益***同體，以形成***同生產或經營，抵禦市場風險，取得規模效益。專業合作社的財務管理主要包括： 1、社員股金。社員股金是為了取得專業合作社社員身份而繳納的股金，實行利益***享，風險***擔，社員股金按實現的利潤進行分紅。
2、提留的風險金和企業發展基金。按現行財務制度的規定提取的壹般盈余公積金作為風險金，以及按社員（代表）大會的決議提取壹定比例的發展基金。
3、公益金按現行財務制度提取。
4、盈余積累按現行財務制度規定提取的任意盈余公積金。
5、銀行貸款。專業合作社可以根據業務需要按照銀行貸款的要求向各類商行申請貸款。
6、供銷合作社投入的資金
7.其他來源，包括政府有關部門的扶持資金。 農民專業合作社的盈余分配，是由理事會提出具體分配方案，由社員（代表）大會討論決定。壹般應按以下順序分配：
1、按現行財務制度提取壹般盈余公積金。
2、按現行財務制度提取公益金，用於本社職工的福利設施支出。
3、對社員股金，政府有關部門的扶持資金，供銷合作社的投資等按比例分紅。
4、按社員提供的產品，服務交易額或交易量實行二次分配；
5、按社員（代表）大會的決議提取任意盈余公積金；
6、按社員（代表）大會的決議提取企業發展基金。 完善的企業內部控制制度是保證企業生產經營順利進行，防範和化解經營風險的有力手段專業合作社具有人員少經營環節多，手續制度多的經營特點，更必須建立完善的內部控制制度。
1、建立人員控制制度。農民專業合作社的日常工作人員宜少面而精，人員的數量素質應由理事會確定。廠長（經理），技術負責人、財務負責人，實物保管員，出納員的任用，解聘應提交理事會確定。特別是財務人員應統壹聘用，經過專業培訓，持證上崗，確定其在合作社行政管理責任及地位。並定期考核、評審，確定獎懲是否續聘。
2、強化資金管理制度。企業的資金、商品物質的流通必須制定嚴密交接，運轉手續，經手人、保管人、批準人的簽字必須齊全，各負其責。
3、建立生產經營成本，費用等開支的審批制度。企業的日常開支，要區分不同性質，不同額度分別審批，屬於日常零星開支由經辦人、部門負責人、財務負責人、分管廠長（經理）簽字後，廠長（經理）最後審批，屬於大宗開支，非正常開支，需經理事會或社員（代表）大會批準。
4、建立投資、重大管理措施的可行性論證制度。投資重大管理措施的實施關系到企業的生存與發展，企業必須慎重行事，理事會應聘請有關專家進行認真的研究論證並經社員（代表）大會討論確定。
5、建立財務審計制度，加強審計監督。為了取得廣大社員的信任，財務管理必須高度民主化，透明化，除了實行企業自身的會計報告制度外，理事會還應定期或年終聘請註冊會計師進行審計和咨詢活動，確認企業經濟活動的真實性，提高企業的管理水平。
6、建立完善財務管理制度後，應加強制度的執行力度，規定管理部門專人負責制度的更新與完善，定期了解各項制度的執行情況，搜集反饋意見，確保制度符合實際發展需要。堅持綜合治理、財務適當先行的理念，逐步樹立財務在企業運行中的核心地位。從管理資產提升到管理資本，推行創新型的財務管理，切實提高資產監督水平。