故事的壹切源於壹個神諭：神諭告訴阿高斯國王亞克裏西奧斯(Akrisios)，指出他的孫子將會奪去他的王位並謀害他的性命。因此，他把他的美艷的女兒達娜厄)和她與天神宙斯的兒子帕修斯(Peseus)–因主神宙斯迷戀達娜厄的美貌，而化作壹陣黃金之雨落在她的身上，使她懷有神的骨肉的帕修斯，壹起關在箱子裏並投下大海。
宙斯壹路引導著箱子穿過大風浪，最後潮水將它到塞浦路斯島，這個島是迪克提斯和波裏德克特斯(Polydectes)兩兄弟所統治的國土。國王波裏德克特斯收留達娜厄與帕修斯兩母子，而迪克提斯則善待他們。波裏德克特斯後來迷戀達娜厄，可是因為帕修斯的存在而感困擾。
帕修斯逐年地成長，成為體格強健的青年。國王波裏德克特斯命令島上的人向他奉獻馬匹，馬在當地是十分稀有珍貴，為擺脫帕修斯，他鼓舞帕修斯出去冒險，而帕修斯這個青年是十分願意，他回答，送怪物美杜莎(Medusa)的頭應該是高等，即使他取來這項禮物，也不會拒絕。波裏德克特斯不會放過帕修斯這壹番話。他認為只要帕修斯死，他就可以迎娶達娜厄，於是國王雖然命令其它年輕人贈送馬匹，卻要帕修斯送上美杜莎首級。
絲西娜(Sthenno)、尤瑞艾筣(Euryale，迷惑於廣闊之地的女人之意)及美杜莎(Medusa)是為高更族的三姐妹。這些高更壹族，希臘人相信她們住在太陽西下的西邊陸地盡頭、赫斯佩裏斯園附近。
她們壹個個蛇發蛇身，擁有不死的身體，全身長滿金屬般麟甲，口部長滿如同野豬獠牙，她們手全是金屬的，並長有禦風而行金翅膀。只要別人看見她們恐怖的外表，立時化作石頭。
三姐妹中，只有美杜莎沒有得到不死之身，為什麽會這樣，傳說美杜莎原本是壹位擁有美麗秀發的女性，並被海神波塞冬所愛，因為她在雅典娜神殿與波塞冬交合，愛好純潔雅典娜因而將美杜莎變成醜陋不堪的女蛇怪。既然美杜莎原本是人，無法成為不死之身。而有預言美杜莎與她姐姐們命運回異，她最後會落得身首異處的下場……
再看看這個半神人帕修斯，美杜莎雖非不死，可是這樣的壹頭怪物，人類之軀的他，又能如何匹敵。有壹種說法，帕修斯唯有求教於神祇，冥王哈得斯送他壹個隱形帽，壹戴上去就隱形；神使漢密斯借他壹雙有翅膀涼鞋，可立即到達距離很遠地方；雅典娜則借給他能夠裝入美杜莎首級的皮袋(Kibisis)與壹個忠告：凡人壹看見美杜莎，會立刻變成石頭。因此不能直接面對她，如果是反射影像就沒有關系，所以女神還給他壹面鏡子，另壹說法是壹個面磨得光亮的盾牌。
裝備既已齊全，只欠美杜莎行蹤。帕修斯先去拜訪葛來雅(Graia)老婆婆們，她們是女蛇怪親戚，所以帕修斯先從她們中打聽美杜莎住處。
這些葛來雅們***享壹只眼晴與壹組牙齒。帕修斯搶去她們僅有的眼晴與牙齒，問出女蛇怪們下落。雖然他答應要把眼與牙歸還，但壹想到如果把眼與牙還給葛來雅，在還沒到女蛇怪之處前，就得先與她們打鬥，於是帕修斯假裝歸還眼睛與牙齒，卻把它們丟到相反後方，然後迅速離開。（嗯哼，這裏和電影有點出入了，電影是為了對付海怪才去找河巫的）
帕修斯於是來到了女蛇怪高更壹族居住的地方，發現她們正在熟睡。他想起雅典娜的忠告，依著盾牌反映，認出美杜莎的身影，迅速砍下她頭顱。當美杜莎的頭顱掉落時，從她身上噴出的鮮血誕生出巨人克律薩俄耳(Chrysaor)與飛馬帕格索斯(Pegasus)，向外飛奔。
這時，美杜莎的兩個姐姐被吵醒，從床上下來，發現了被殺死的妹妹屍體，立刻飛到空中追逐兇徒。但頭上的隱身帽幫助帕修斯，她們怎樣也看不見他。他用上長翅膀的漢密斯鞋飛翔，大風吹蕩著他，使他左右搖擺，連同裝有美杜莎的頭皮囊亦壹樣，滲出的血液滴落在利比亞沙漠荒野，遂變成各種顏色的毒蛇。從此以後，利比亞地方特多蝮蛇與毒蟲之害
帕修斯壹直向西飛行，到達擎天神阿特拉斯(Atlas)支撐世界的地方。擎天神看到飛行中的帕修斯，請求他把衪看看美杜莎頭，因為自己支撐世界實在太辛苦，頂不下去。帕修斯拿出美杜莎的頭，擎天神遂化作壹座高山，而這座山就是西北非的阿持拉斯山脈。
帕修斯返回希臘途中穿越世界的南方。在埃塞俄比亞海岸發現了壹座美麗的白色雕像。
帕修斯受雕像的美貌所吸引，可是竟然聽見女性的聲音，似乎感嘆自己的不幸，而聲音竟然來自眼前的雕像，這並非雕像，而是美麗安卓羅美達(Andromeda)，她因為母親的傲慢而被當成了祭品。安卓羅美達母親是卡西歐佩雅(Cassiopeia，仙後座)，是埃塞俄比亞的克普斯(Cepheus，仙王座)皇後。她因為誇口自己比涅蕾絲們(Nereis，海中仙女)還要漂亮，激怒海神波塞冬，讓埃塞俄比亞受到洪水與海怪的襲擊。尋求神諭後，命令要以安卓羅美達來作獻祭，遂把可憐少女用鎖鏈鎖在海邊的巖石上，等待著海怪吞噬。痛苦的父母滿懷著悲痛、相擁而泣。
帕修斯對安卓羅美達壹見鐘情。他對安卓羅美達的、父母說：「要哭總是有時間的。但行動的、機會卻很快消逝了！我是帕修斯，是宙斯與達娜厄的兒子。神的翅使我能在空中飛行，美杜莎已死在我的寶劍之下。假使這位少女是自由的，並許多人之中選擇她的配偶，我也不是配不上她。可是像她的處境，我卻要對她求婚，並且願意搭救她。」欣喜父母不僅願意把女兒許給他，並以他們的王國作為她的嫁妝。
正當他們互相討論，海怪卻像扯滿風帆的船舶壹樣遊了過來，距離懸巖只有壹投石的距離。青年用腳壹蹬，騰空而起。妖怪看見他在海上影子，飛速地向影子追逐，意識到壹個敵人要騙取它獵物。
帕修斯從天上俯沖下來，如同壹只鷲鷹落在這妖怪背上，以殺死美杜莎的寶劍刺入它後背，直到只剩刀柄在外。他抽出刀來，這有鱗甲的妖怪躍到空中，忽而潛入了水底，四向奔突。帕修斯壹再刺擊怪物，直到黑血從它喉管噴湧而出。但他的翅膀濡濕，他不敢再信靠他的水淋淋羽毛鞋。他發現壹根尖端還露在水面的帆柱，他的左手抓著它以支撐身體，右手持著寶劍，壹次次、四次地刺向怪物肚子。海怪終於筋皮力盡，巨大屍體沈入大海裏，變成了星座–鯨魚座 誰還是我的朋友，就把臉轉過去！他說著，同時從他壹直挎在身上皮囊裏取出美杜莎的頭，把它伸向第壹個沖向他的敵人。“讓妳的魔法去降伏他人吧！”那人輕蔑地看了壹眼喊道。舉起手剛要投擲標槍，但就這樣舉著手變成了石頭。其它的敵人壹個接壹個地落得這樣下場。最後只剩下二百人。這個時候，帕修斯將蛇發女妖的頭高高舉在空中，讓大家都能看見，於是這二百人也突然變成堅硬的巖石。
菲紐斯才後悔著，不該發動這場不義戰爭。他左右壹看，除變成各異的石像以外甚麽也沒有。他呼叫朋友的名字，疑惑地觸摸站在周圍人群，摸到的是冷冰冰大理石。他心驚膽戰起來，他的挑戰變成低三下四的祈求：“饒了我壹命吧，王國和新娘全都歸於妳！”壹邊喊著，壹邊把沮喪的臉轉向壹邊。但是，帕修斯因為他新朋友的死而無比悲痛，已不能大發慈悲。“反賊！”他憤怒地說，“我要為妳建立壹座永久的紀念碑！”盡管菲紐斯竭力躲閃，不看美杜莎頭，他的目光還是很快就與那伸向他可怕形像相遇了：他的脖子僵硬，他那含淚的眼睛變成堅硬的大石頭。站在那裏，雙手下垂，壹臉膽怯的表情，完全是奴仆卑賤姿態。 帕修斯毫無阻礙地把他的愛妻安卓羅美達帶回了家。等待著他的將是漫長而幸福歲月。他和安卓羅美達回到了塞浦路斯，他的母親達娜厄、迪克提斯為躲避波裏德克特斯的迫害而逃到祭壇。祭壇為神聖之地，在此誰也不敢對落難逃亡人動粗，因為這等於是對神的冒犯。因此，波裏德克特斯不能輕舉妄動。
帕修斯回來，波裏德克特斯與島上的年輕人卻不承認他的功績。帕修斯於是拿出美杜莎首級給他看，國王因而變成石頭。迪克提斯成島上之王。
帕修斯在母親達娜厄與妻子安卓羅美達的陪同下前往阿高斯。不論神諭內容如何，他壹心想與祖父亞克裏西奧斯和解。但是，亞克裏西奧斯不在阿高斯。原來，這個老人因為怕神諭，逃亡異地，到佩拉斯高斯的國王那裏。在這裏他出席了壹個節日的賽會。這時，帕修斯路過這裏，也參加比賽，卻不幸在擲鐵餅時打死在觀眾席上的亞克裏西奧斯，神諭於是應驗。帕修斯深深哀悼死者，把他安葬在城外。