1、電子探頭是由多個陣元晶體來接受超聲信號的；而機械探頭是沒有陣元晶體的，而是由壹個（或幾個）壓電晶片在電機帶動下掃動，發出形似扇狀的超聲束陣。這就造成了機械探頭相比電子探頭損耗更加大。
2、使用電子探頭的獸用B超機壹般都是比較中高端機器，所以在探測出的B超圖像上要比使用機械探頭的要好；而低端的B超機壹般用的都是機械探頭，成像效果相對不好。
3、電子探頭要比機械探頭貴很多。
3、電子探頭使用壽命相對機械探頭要長些，因為機械探頭是由電機震動產生的超聲波，所以損耗會相對較快。
5、電子探頭壹般不需要特別維護，機械探頭中有專用的油，時間長了油會發生揮發變少，探頭中會出現氣泡，影響檢測效果，需要隔段時間註壹下油。機械探頭在氣溫較低的情況下，探頭中的油會發生凝固，影像圖像清晰度，這樣需要將獸用B超機開機壹段時間，等待機械探頭中的油融化後才能使用。
6、電子探頭頻率可以自動調節，探測最大深度可以達到30mm；機械探頭壹般是固定的常見3.5MHz頻率，探測深度192mm，無法自由調整頻率。
7、電子探頭根據檢測的動物體型大小及探測的用處不壹樣有多種探頭可選：背膘眼肌探頭、活體采卵專用探頭、凸陣直腸探頭、大凸探頭、高頻線陣、高頻微凸、多頻探頭等；而機械探頭就壹種可選。
壹般使用者只要考慮探頭成像以及後續保養工作就好，如果想要圖像清晰的獸用B超機就選擇電子探頭，如果對獸用B超的清晰度沒有太大的要求只要可以檢測出來有沒有仔，而且對探頭後續保養工作沒有要求，選擇價格便宜的機械探頭即可。