兩者主要的區別有三：
壹、形狀
天然奶酪的形狀非常豐富，常見的形狀有長塊（block），切片（slice），小塊（cube）和碎粒碎條（shred）。按照順序如圖所示
此外還有圓柱形，扇形等等
再制奶酪的形狀相對地就少了很多，壹般是切片，放在金屬罐頭，紙盒子，塑料瓶或者管子裏，像沙拉醬壹樣可以擠出來：
從形狀上看，再制奶酪和天然奶酪都有切片形狀，比較難以區分。再制奶酪壹般比較軟，熔點較低，而天然奶酪既然可以用刀切的話（壹般是用刀從塊狀奶酪上切下來的），質地較硬，看壹看摸壹摸也許還是可以分辨的。
二、成分
天然奶酪：制造天然奶酪的原料是牛或者羊的奶。通過加酸或者凝乳酶使奶中的蛋白質凝結成小塊沈澱下來，與乳清分層。然後擠出多余的水分，形成較大的奶酪塊。最後加入鹽，色素和微生物，經過發酵賦予奶酪特殊的風味，質地和顏色，再經過機械加工賦予它特殊的形狀。
主要成分：水：30.17%，脂肪：34.39%，蛋白質：31.23%，礦物質：4.31%。
通過這些數據，我們只需要知道兩點：
1、不同品種的奶酪成分上會有變化，但蛋白質和脂肪始終是最主要的成分。
2、奶酪有油有水（比例接近1:1），油水不相容，需要充分乳化，奶酪才不會放著放著就分層。
奶酪中的蛋白質就是天然的大分子乳化劑，它讓奶酪成為了乳化均勻的膠體。但是，在加熱的情況下，天然奶酪還是容易出油。
再制奶酪：美國FDA規定，再制奶酪的原料至少51%是天然奶酪，剩下的不到49%的成分裏，有添加劑，有水，也有其他奶類原料，比如奶粉（dry milk），無水奶油（anhydrous milkfat）和乳清成分（whey solids）。再制奶酪的添加劑含量的確比天然奶酪高壹些，額外加入添加劑是有目的。
PS. 原來寫的答案是“再制奶酪的原料51%是天然奶酪，49%是添加劑”。這點描述有誤，感謝@梁海 指出錯誤，作者於2013年8月30日進行了更正。
目的壹：改善功能性
怎麽做再制奶酪呢？先拿壹個小鍋，放入切碎的天然奶酪塊，加熱到融化，同時加入壹些乳化鹽（比如磷酸鈉鹽和檸檬酸鈉鹽），抗菌的防腐劑，和壹些調味料（比如墨西哥辣椒jalapeno）進行充分的攪拌，形成壹個均質穩定的水包油型乳化體系。
通過這個過程，奶酪的壹些性能得到了提升：
（1）乳化性變好了。奶酪受熱融化的時候不會水油分層了。比如加熱漢堡的時候，那薄薄的壹片奶酪雖然融化了，但是質地和味道不會改變。
（2）保質期延長了。保質包括兩個方面。壹是通過添加防腐劑，抑制發黴變質，延長了奶酪可食用的時間。二是通過添加乳化鹽，使得奶酪在銷售到溫暖地區時，也不會因為融化而失去它原來的形態，延長了奶酪保持高品質的時間。
（3）風味變豐富了。因為調味料，也因為用來制作再制奶酪的天然奶酪，可以是多種不同風味的奶酪的混合體。
（4）賦予了延展性，可塗抹性。如果是做成芝士醬用來蘸面包（比如pretzel）的話，這個過程可以給予芝士醬絲滑的質地，讓它不易結塊。
目的二，解決天然奶酪的邊角料。天然奶酪最後要切成漂亮的形狀出售，總有不規則的邊邊角角剩下來，或者壹些天然奶酪賣不動了積壓在倉庫裏，那就用來做再制奶酪吧~
三、保質期和儲存方法
天然奶酪需要冷藏。新鮮奶酪（壹類奶酪的名稱，指fresh mozzarella, ricotta, cottage），幾天到兩周；軟奶酪，1周；半軟奶酪，2~3周；硬奶酪：5周；很硬的奶酪：10周。再制奶酪屬於軟或半軟奶酪，可以存放3~4周，而且不壹定要冷藏。
如何判斷再制奶酪？
對兩類奶酪有了基本概念之後，除了看包裝上的說明，還有其他判斷方法：
1、夾漢堡裏的切片奶酪很多是再制奶酪。比如，American cheese 美國奶酪（這是品種名，不代表產地）。
2、可以蘸餅幹，流動性好的奶酪醬是再制奶酪。
3、不要求冷藏的奶酪是再制奶酪。
4、天然奶酪貴，再制奶酪比較便宜。
關於怎麽挑選奶酪：
1、根據口味：無疑是最重要的因素。吃過才知道。
2、根據營養：奶酪的營養主要來自於高蛋白。再制奶酪由於天然奶酪的比例不高，且含有大量添加劑，鹽還多。營養價值自然比不上天然奶酪。那不同品種的天然奶酪之間，營養有什麽差別呢？這取決於蛋白質和脂肪的含量，高蛋白，低脂肪，少鹽低鈉最為理想。這時候妳看看奶酪上的營養標簽就可以啦，或者參考壹下這個網頁：
Nutritional Information Comparison for Dairy
3、根據用途：對於中國人而言，基本有三種用途：（1）夾在漢堡包裏 （2）烘焙做菜用，比如做芝士餅幹芝士蛋糕，披薩和芝士焗飯 （3）當零食直接吃。第壹種對奶酪品種的選擇非常廣，切片的再制奶酪，天然奶酪中的cheddar, swiss, monterey jack, colby等等等等，只要融化後還能基本保留原來形狀的奶酪都可以。第二種有mozzarella，mascarpone, cheddar，ricotta等等。第三種用途對奶酪的品質要求最高。最好買塊狀的奶酪，自己切塊或切片慢慢品嘗，可配紅酒。
常見的中國人接受程度較高的奶酪：
1、瑞士奶酪Swiss cheese以及baby Swiss。貓和老鼠裏面常見的帶孔的奶酪叫瑞士奶酪。孔眼來自微生物發酵過程產生的二氧化碳。
2、車打奶酪Chedar Cheese。mild和medium級別的容易接受，sharp和extra sharp不要輕易嘗試。
3、馬斯裏拉Mozzarella。多見於披薩和焗飯。
4、帕瑪森Parmesan。國內的帕瑪森多為粉狀（芝士粉），灑在披薩和焗飯增加風味。
5、新鮮奶酪，比如cottage, ricotta, fresh mozzarella，前兩個直接吃，拌沙拉，最後壹個卷著切片西紅柿都是不錯的選擇。
6、奶油奶酪Cream cheese，多用於制作芝士蛋糕。
不要輕易嘗試的奶酪：
1、用黴菌發酵的奶酪，味道壹般很強烈，初食不好接受。（。。。。有些人，比如我長期吃奶酪也還是很難接受……）代表：blue cheese
2、Sharp和extra sharp cheese，指發酵期超過12月，甚至3-5年的奶酪。陳年的，味道太沖！雖然有些人很喜歡吧。。。
第壹次寫長答案，花了壹個多小時，好累。本人雖然是食品科學專業的研究生，但專業方向不是奶酪，對它的了解僅限於上過的壹門乳制品課和生活經驗。如果出現偏面的理解是完全可能的，不吝賜教。
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#再制奶酪和再制奶酪類食品的標準# by美國FDA 2006年
再制奶酪（Pasteurized process cheese）
Ingredients: Contains natural cheeses or enzyme modified cheeses, emulsifying agents<3 % (w/w), acidulants (vinegar, lactic acid, citric acid, acetic acid, phosphopric acid), milkfat (from cream, anhydrous milkfat or dehydrated cream; <5% w/w), water, salt, colors, spices, flavorings, mold inhibitors1 (sorbic acid, potassium sorbate, sodium sorbate; <0.3% w/w), antisticking agent1 (lecithin <0.03% w/w). Moisture: < 40 % (w/w); Fat: > 30 % (w/w); pH: >5.3
乳化劑<3% ，抑菌劑<0.3%
再制奶酪類食品（Pasteurized process cheese food ）必須含有至少51%的天然奶酪，剩下的49%中，水分含量不得超過44%。而且必須有至少23%的奶脂（milkfat）
Ingredients: Natural cheeses and enzyme modified cheeses (>51% (w/w) of the final products) all of the ingredients allowed in processed cheese, also milk, skimmilk, buttermilk and cheese whey. Moisture: < 44 % (w/w); Fat: > 23 % (w/w); pH: > 5.0
再制奶酪醬（Pasteurzed process cheese spread）是再制奶酪類食品的壹種，它可以含有高達44%~60%的水分，和至少20%的奶脂。除了乳化鹽，調味料，它的配方還可以有甜味劑和黃原膠、卡拉膠等多糖類穩定劑。
Ingredients: Natural cheeses and enzyme modified cheeses (>51% w/w of the final products) all of the ingredients allowed in processed cheese food, also food gums, sweeteners, nisin (<250 ppm). Moisture: 44 – 60 % (w/w); Fat: > 20 % (w/w); pH: > 4.0
如果對再制奶酪有非常濃厚的興趣，推薦閱讀這篇綜述Process Cheese: Scientific and Technological Aspects—A Review 作者是Rohit Kapoor和Lloyd E. Metzger。
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